• Når dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram
• Når pasienten har stått på antibiotika før prøvetaking
• Når man antar at det er så få mikrober tilstede i prøven at de ikke vil vokse ved dyrkning
• Ved mistanke om spesielle mikrober som er vanskelig å dyrke

• Prøver fra normalt sterilt område.

Kan ikke utføres på blod eller fra blodkulturflasker. 

Prøver fra nedre lufveier undersøkes ikke, da de som regel er forurenset av annen luftveisflora ved prøvetaking.

Prøver må ankomme laboratoriet så raskt som mulig etter prøvetaking, helst i løpet av 2 døgn for å unngå tap av mikrobielt DNA.

Prøver må ikke fryses, men oppbevares i kjøleskap før forsendelse.

Kan transporteres i romtemperatur.

Sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR). Dersom denne er positiv, gjøres sekvensering av 16S rDNA-regionen i det bakterielle DNA-produktet. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn. 

Bakterielt DNA: Kvalitativt (f.eks. Påvist/Ikke påvist)

Videre sekvensert bakterielt DNA: Taksonomi (mikrobenavn, subtype osv)

4-7 virkedager.

Lokale variasjoner kan forekomme.

• Spesifikke DNA undersøkelser er mer sensitive og bør prioriteres når de er tilgjengelige.
• Analysen er ressurs- og tidkrevende, sekvensering gjøres derfor ikke på prøver med dårlig klinisk indikasjon eller hvor prøvematerialet er uegnet for analysen.
• Analysen er mindre egnet der det foreligger en blanding av flere bakterier i prøvematerialet.