• Blind skylling av bronkier gjennom trachealtube, med eller uten beskyttet børste. Prøven tas med sterilt kateter koblet til sug. Væsken deponeres i en eller flere sterile beholdere med skrukork.
• Børsteprøve sendes i steril beholder med skrukork tilsatt 1 ml sterilt fysiologisk saltvann. Det er viktig at sterilt fysiologisk saltvann brukes ved prøvetakingen,  da høy saltkonsentrasjon kan virke bactericid.
• BAL (bronchio-alveolær lavage) er endoskopisk tatt prøve med fast definert volum som settes ned i ulike seksjoner av lungen, helt perifert. Ellers som bonkial skyllevæske. 

Raskest mulig transporttid til laboratoriet. Dersom prøven ikke kan leveres umiddelbart til laboratoriet, bør den oppbevares i kjøleskap til forsendelse.