Clostridioides difficile genotyping
Indikasjon for prøvetaking
Genetisk karakterisering av Clostridioides difficile isolater.
Prøvemateriale
Renkultur av Clostridium difficile.
Rekvirering
Rekvireres av laboratoriet på grunnlag av påvist Clostridioides (tidligere Clostridium) difficile toksinpåvisning i fæces med påfølgende Clostridioides difficile dyrkning.
Undersøkelsesprinsipp
Nanopore helgenomsekvensering (WGS) bestemmer mikrobens DNA i sin helhet for å klassifisere og karakterisere genetiske varianter. Lange DNA-sekvenser ekstraheres fra ferske C. difficile isolater. Bakterie DNA fragmenteres, merkes med barcoder og renses med magnetiske kuler før ligering av adapter og motorprotein. Enkelt-trådig DNA sekvenseres i en flowcelle. Bioinformatiske metoder benyttes for å utføre MLST (multi-locus sekvens typing) og genomiske slektskapsanalyser.
Svar
Stammens sekvenstype (ST).
Tolkning
Hensikten med genotyping er todelt – detektere utbrudd og overvåke forekomst av genetiske varianter.
Merknader
Nanopore WGS erstatter ribotyping av C. difficile. Flere ulike ST kan ha samme ribotype da WGS er en mer presis analysemetode.
