Clostridioides difficile genotyping
Indikasjon for prøvetaking
Genetisk karakterisering av Clostridioides difficile isolater.
Prøvemateriale
Renkultur av Clostridium difficile.
Rekvirering
Rekvireres av laboratoriet på grunnlag av påvist Clostridioides (tidligere Clostridium) difficile toksinpåvisning i fæces med påfølgende Clostridioides difficile dyrkning.
Undersøkelsesprinsipp
Nanopore helgenomsekvensering (WGS) bestemmer mikrobens DNA i sin helhet for å klassifisere og karakterisere genetiske varianter. Lange DNA-sekvenser ekstraheres fra ferske C. difficile isolater. Bakterie DNA fragmenteres, merkes med barcoder og renses med magnetiske kuler før ligering av adapter og motorprotein. Enkelt-trådig DNA sekvenseres i en flowcelle. Bioinformatiske metoder benyttes for å utføre MLST (multi-locus sekvens typing) og genomiske slektskapsanalyser.
Svar
Stammens sekvenstype (ST).
Tolkning
Hensikten med genotyping er todelt – detektere utbrudd og overvåke forekomst av genetiske varianter.
Merknader
Nanopore WGS erstatter ribotyping av C. difficile. Flere ulike ST kan ha samme ribotype da WGS er en mer presis analysemetode.
Vi kan ikke love deg svar på tilbakemeldingen din, men bruker den til å forbedre innholdet. Vi ber om at du ikke deler person- eller helseopplysninger.
