Tarmpatogener PCR
Indikasjon
Ved mistanke om infeksiøs gastroenteritt undersøkes prøve med PCR rettet mot vanlige tarmpatogene agens:
- Bakterier
- Yersinia enterocolitica
- Salmonella spp.
- Campylobacter spp.
- Shigella spp./EIEC
- EHEC
- EPEC
- Parasitter
- Virus
- Norovirus RNA
- Rotavirus RNA
- Adenovirus DNA (fæces)
- Astrovirus
*Positive funn av bakterier kan bli dyrket for typing og eventuell resistensbestemmelse .
I spesielle situasjoner hvor andre bakterier kan være årsak til pasientens symptomer, vil i tillegg spesialdyrkning kunne utføres. Det er derfor avgjørende at gode kliniske opplysninger er angitt!
| Indikasjon | Spesialdyrkning |
| Blodig diaré, mistanke om HUS | Enterohemoragiske E. coli (EHEC) |
| Gastroenteritt etter inntak av sjømat | Aeromonas, Plesiomonas, Vibrio-arter |
| Kraftig vandig diaré i kombinasjon med antatt smittested i land der kolera er endemisk | V. cholerae |
| Langvarig diaré ( > 14 dager) hos barn under 5 år | Enteropatogene E. coli (EPEC) |
| Kontrollprøver etter tidligere positive fæcesprøver | |
| Opphold i endemiske områder, forhøyet IgE, langvarig diaré > 3 uker | Andre parasitter enn de avdelingens PCR detekterer |
Prøvemateriale
- Fæcesprøver sendes på flytende Cary Blair. Unntaksvis kan avføringsprøver uten tilsetning godtas dersom prøven er relativ fersk, inntil 3 døgn gammel og oppbevart i kjøleskap på 2-8 grader.
- Duodenalprøve er aktuell ved bærertilstand av Salmonella typhi og Salmonella paratyphi. Prøven hentes ved duodenalsondering og sendes på flytende Cary Blair.
Prøvetaking og forsendelse
Se Fæcesprøver under kapittelet Prøvetaking.
- Må sendes i transporthylse av hardplast på grunn av smittefare.
- Bør oppbevares i kjøleskap og undersøkes innen 3 døgn etter prøvetakning.
Undersøkelsesprinsipp
Kvalitativ påvisning av de beskrevne gastroenteritt-agens ved hjelp av sanntids polymerasereaksjon (PCR).
Svar
Påvist / Ikke påvist for hver enkel analyse
Svartid
PCR-undersøkelsen utføres 3 dager i uken, men ikke i helgene.
Svartid blir derfor fra 1-4 dager.
Ved funn av tarmpatogene bakterier blir prøven rutinemessig dyrket unntatt Campylobacter species (dyrkning vil bli utført kun på kontrollprøven) og EPEC (dyrkes kun i spesielle tilfeller).
Prøver som dyrkes besvares 2-5 dager etter at prøven er mottatt.
Ved funn av mulig EPEC/EHEC kan det gå noen dager ekstra.
Merknader
Følgende tilstander er nominativt meldipliktige til MSIS (Gruppe A)
- Campylobacteriose
- Cryptosporidium-infeksjon
- Enteropatogen E. coli-enteritt
- Giardiasis
- Paratyfoidfeber
- Salmonellose
- Shigellose
- Tyfoidfeber
- Yersiniose
Se også MSIS meldepliktige sykdommer for komplett oversikt.
Opplysning om smittested er viktig med tanke på å oppdage innenlands matbårne utbrudd så tidlig som mulig.
