SARS-CoV-2 helgenomsekvensering

Sist oppdatert: 12.04.2024
Utgiver: Akershus universitetssykehus
Versjon: 1.1
Kopier lenke til dette emnet
Foreslå endringer/gi kommentarer

Indikasjon 

Helgenomsekvensering utføres kun på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2 RNA. Helgenomsekvensering kan være aktuelt ved utbruddsoppklaring og som ledd i overvåkning.

Rekvirering  

Analysen kan rekvireres av laboratoriet ved SARS-CoV-2 PCR positive prøver med tilstrekkelig virusmengde.

Undersøkelsesprinsipp 

Helgenomsekvensering utføres med Nanopore sekvensering iht ARTIC network protokoll med påfølgende tolkning ved hjelp av oppdaterte sekvensbibliotek.

Svar 

Utført/Inkonklusivt/Ikke utført

Tolkning 

Helgenomsekvensering er avhengig av at det er nok virus i prøven og at disse lar seg sekvensere.

Følgende svar kan bli gitt ut:

Svar Tolkning
Utført Analysen var vellykket. SARS-CoV-2 isolatet tilhører lineage* som angitt
Inkonklusivt Analysen mislykket. Dette kan være på grunn av for lite virus i prøven. Bestemmelse av lineage* derfor ikke mulig
Ikke utført Analysen ikke utført grunnet for lite virus i prøven eller manglende prøvemateriale.

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.

Gi tilbakemelding
Fortell oss gjerne hva du var fornøyd med eller misfornøyd med på denne nettsiden.

Vi kan ikke love deg svar på tilbakemeldingen din, men bruker den til å forbedre innholdet. Vi ber om at du ikke deler person- eller helseopplysninger.
Send