SARS-CoV-2 helgenomsekvensering

Helgenomsekvensering utføres kun på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2 RNA. Helgenomsekvensering kan være aktuelt ved utbruddsoppklaring og som ledd i overvåkning.

Analysen kan rekvireres av laboratoriet ved SARS-CoV-2 PCR positive prøver med tilstrekkelig virusmengde.

Helgenomsekvensering utføres med Nanopore sekvensering iht ARTIC network protokoll med påfølgende tolkning ved hjelp av oppdaterte sekvensbibliotek.

Utført/Inkonklusivt/Ikke utført

Helgenomsekvensering er avhengig av at det er nok virus i prøven og at disse lar seg sekvensere.

Følgende svar kan bli gitt ut:

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.

• Pango lineages, variants of concern report
• Nextstrain: analysis and visualization of pathogen sequence data
• FHI Ukerapporter