Clostridioides difficile ribotyping

Genetisk karakterisering av Clostridioides difficile isolater.

Renkultur av Clostridioides difficile.

Rekvireres av laboratoriet på grunnlag av påvist Clostridium difficile toksingen i fæces med påfølgende Clostridium difficile dyrkning.

Ved PCR ribotyping kopieres og masseproduseres regionen mellom 16s og 23s i rRNA operonet. Antall regioner og størrelsen på denne regionen varierer mellom ulike stammer og dette gir en variasjon av PCR produkter der antall og størrelse vil variere fra stamme til stamme.

Avdelig for smittevern, Smittevernlaboratoriet er ansvarlig for rekvirering, utførelse og besvarelse av PCR ribotyping på C.difficile.

Stammens ribotype.

Rutinemessig 7-10 dager. Ved mistanke om utbrudd kan analysen svares ut 1 dag etter positiv dyrkning.

Etter amplifisering undersøkes DNA-fragmenter ved gelelektroforese. Det vil opptre en rekke bånd, båndmønsteret sjekkes mot et referansebibliotek av C. difficile stammer og dette avgjør hvilken ribotype isolatet kan karakteriseres som.

Ribotyping kan differensiere mellom >800 forskjellige typer av C. difficile.

Analysen er akkreditert etter ISO 15189.