Laktase genotype (LCT, Laktoseintoleransegenotype)

• Klinisk mistanke om laktoseintoleranse fra ca. 3 års alder grunnet magesmerter, diaré og luftplager el.l.
• Genanalysen kan brukes både til å påvise og til å utelukke arvelig betinget laktasemangel.
• Analysen kan imidlertid ikke påvise laktasemangel som er sekundær til annen tarmsykdom som cøliaki, akutt gastroenteritt og inflammatorisk tarmsykdom, andre former for melkeintoleranse eller allergi overfor melkeproteiner. En meget sjelden og potensielt livstruende form for genetisk betinget laktasemangel, med fravær av laktase fra fødselen av, kan heller ikke påvises ved denne gentesten.

Pasientforberedelse

Ingen

Prøvetaking

• Materiale: EDTA-fullblod.
• Minste prøvevolum: 0,5 mL (helst 1 mL) fullblod.

Holdbarhet

• Oppbevaring: Prøven er holdbar flere døgn i romtemperatur, men oppbevaring i kjøleskap anbefales. Ved lengre tids lagring ( >1 mnd) bør prøven fryses.
• Forsendelse: Ordinær post, kan sendes ved romtemperatur.

Ikke relevant.

Avdeling for medisinsk biokjemi, Rikshospitalet, Ullevål og Hormonlaboratoriet Se Laktoseintoleranse genotyping (Hormonlaboratoriet)

Vanligvis innen 2 uker, ta kontakt dersom det haster mer.

Arvelig laktasemangel er assosiert med flere genvarianter i tilknytning til LCT-genet. Forekomsten av disse varierer mellom folkegrupper.

LCT-genvarianten c.-13910C >T (rs4988235) er den vanligste årsaken til laktasepersistens (dvs intakt laktaseaktivitet) i voksen alder blant nordeuropeere med en allelfrekvens på ca. 66 – 78% (jf. Alamut). Genvarianten som er assosiert med laktasemangel, C/C i posisjon c.-13910, er dermed sjeldnere blant nordeuropeere enn i det meste av verden forøvrig.

Forekomsten av nærliggende genvarianter rundt c.-13910-setet (c.-13907C >G, c.‐13913T >C, c.‐13914G >A, c.-13915T >G og c.‐14010G >C) er dårligere kartlagt, men allelfrekvensene av disse er høyere i folkegrupper fra Afrika og Midtøsten enn blant nordeuropeere (ca. 56% i Kuwait)(jf. NCBI/Alamut). Genvarianten c.-13915T >G har en allelfrekvens på 0,3% i et materiale basert på 179 prøver (dvs. 358 alleler) fra tilfeldig utvalgte pasienter ved Rikshospitalet (ikke rekvirert Laktase-genanalyse).

Arvelig laktasemangel er den dominerende genotypen på verdensbasis. Ulike sekvensvarianter i forkant av LCT‐genet har kommet til gjennom menneskets utvikling og blitt selektert fordi de har gitt laktasepersistens; evne til å spalte melkesukker og tåle bl.a. kumelk også etter småbarnsperioden. Sekvensvarianten c.-13910C >T (rs4988235) er den vanligste årsaken til laktasepersistens i voksen alder blant nordeuropeere, og analyse av c.-13910C >T vil derfor kunne identifisere de fleste tilfeller av genetisk betinget laktasemangel i denne folkegruppen.

Laktasepersistens i voksen alder i ulike afrikanske og arabiske populasjoner er ofte knyttet til andre sekvensvarianter, deriblant c.-13907C >G (rs41525747), c.-13915T >G (rs41380347) eller c.‐14010G >C (rs145946881). Betydningen av disse variantene er imidlertid ikke like godt kartlagt som for c.‐13910C >T.

Svarrapportering

• Laktase genotype rapporteres som C/C (homozygot), C/T (heterozygot) eller T/T (homozygot) i posisjon c.-13910, hvor homozygot C/C er assosiert med laktoseintoleranse.

• Forekomst av andre sekvensvarianter med mulig betydning for laktase-enzymaktivitet rapporteres som en tilleggskommentar.

• c.-13907: rapporteres som C/G (heterozygot) eller G/G (homozygot)

• c.-13915: rapporteres som T/G (heterozygot) eller G/G (homozygot)

• c.-14010: rapporteres som G/C (heterozygot) eller C/C (homozygot)

• Genotyperesultatet rapporteres sammen med en kort klinisk tolkning og henvisning til informasjonsskriv.

• Tilstedeværelse av andre sekvensvarianter som kan ha betydning for laktase-enzymaktivitet kan ikke utelukkes.

Svartolkning

Hos en voksen person av nordeuropeisk avstamning, vil C/C-homozygoti tilsi primær laktase­mangel. Hvorvidt man opplever laktoseintoleranse eller ikke, avhenger av mengden laktose og individuelle faktorer. C/C-homozygote barn taper laktase gradvis fra ca. treårsalder. Det er individuelt når laktase­mangelen blir manifest, men ofte skjer dette før 12-årsalder. Selv om man har arvelig laktase­mangel, er det vanlig å tolerere litt melk, ca. 2 dL/døgn. Generelt er det viktig å unngå unødig kostrestriksjon, særlig hos barn, hvor melk og melkeprodukter er viktige næringskilder. Tilstedeværelse av T i posisjon -13910, enten i heterozygot (C/T) eller homozygot (T/T) form, gir laktasepersistens.

Genotyperesultatene må alltid tolkes med varsomhet. Det kan finnes andre sekvensvarianter assosiert med laktosetoleranse som ikke blir undersøkt ved gentesten, og ved tvil anbefales å supplere med fenotype­under­søkelser som hydrogenpusteprøve eller laktosebelastning. Selv om analysen avdekker en genotype forenlig med primær laktasemangel, betyr ikke dette nødvendigvis at det forklarer (alle) pasientens symptomer, og det er viktig at man ikke overser eventuell baken­for­liggende sykdom.

Usikkerhet

Pasientens genotype er i utgangspunktet stabil og uendret gjennom hele livet. Det er således normalt ikke indisert å gjenta en genotyping hvis den er utført tidligere og svaret er tilgjengelig for rapportering.

Unntak kan være:

• Ønske om ny genotyping med en mer omfattende metode:

Hvis man tidligere bare har fått undersøkt én eller noen få DNA-sekvensvarianter i det aktuelle genet, kan det være aktuelt å teste påny med en ny eller mer omfattende metode som fanger opp flere varianter.

• Pasienten er transplantert:

Stamcelletransplantasjon tilfører donorleukocytter, noe som vil gi endret genotype ved analysering av blodprøve. Organtransplantasjon tilfører organ med donors genotype. Blodceller og øvrige vev er da uendret.

• Mistanke om feil:

Selv om det er sjelden, kan det forekomme berettiget mistanke om feil genotyperesultat. I så fall kan ny genotyping være indisert. I tillegg til prøveforbytning eller feil knyttet til analysering eller rapportering, kan det ved leukopeni i forbindelse med graviditet eller hos personer som får ordinær blodoverføring (én enhet SAG-blod kan inneholde inntil 1 million leukocytter) forekomme at det i en periode på inntil noen måneder blir en tilblanding og proliferasjon av fosters eller blodgivers leukocytter (mikrokimerisme) som kan gi endret genotyperesultat.

• Klonal ekspansjon av mutert cellelinje hos pasienten.

Rikshospitalet

Sanntids PCR med alleldeteksjon vha. hybridiseringsprober og smeltekurveanalyse på LightCycler® 480 (Roche) instrument.

Analysen omfatter undersøkelse av følgende genområde og varianter (alleler):

• Amplifisering av et enhancerområde oppstrøms for LCT-genet som befinner seg i intron 13 i MCM6‐genet. Probene fanger bl.a. opp sekvensvariantene LCT c.-13910C >T (MCM6 c.1917+326). og LCT c.-13915T >G (MCM6 c.1917+321).
• Probeparret fanger også opp genvariantene c.‐13907C >G. Tilstedværelse av c.‐13907C >G bekreftes med sekvensering eller smeltekurveanalyse med prober som har full match med disse variantene.

Ullevål

Sanntids PCR med alleldeteksjon vha. hybridiseringsprober og smeltekurveanalyse på LightCycler® 480 (Roche) instrument.

Analysen omfatter undersøkelse av følgende genområde og varianter (alleler):

• Amplifisering av et regulatorområde i forkant av LCT-genet, beliggende i intron 13 i MCM6‐genet. Probene fanger opp sekvensvarianten LCT c.-13910C >T (MCM6 c.1917+326).
• Probeparret fanger også opp genvariantene LCT c.‐13907 >G og c.-13915T >G som er lokalisert helt i nærheten av c.-13910C >T. Tilstedværelse av disse genvariantene kan ev. også bekreftes med sekvensering.

Hormonlaboratoriet

Se Laktoseintoleranse genotyping

• LCT c.-13910C >T (rs4988235), LRG_338:g.9094C >T
• LCT c.-13907C >G (rs41525747), LRG_338:g.9097C >G
• LCT c.-13915T >G (rs41380347), LRG_338:g.9089T >G