FHI har referansefunksjon for Shigella. Shigellose er meldepliktig til MSIS

Utover analyser av enkelt-isolater, bidrar referanselaboratoriet til nasjonal epidemiologisk overvåking, utbruddsetterforskning, forebygging og bekjempelse av Shigella-infeksjoner.

For informasjon om forekomst, klinikk etc. se SMITTEVERNVEILEDERENS kapittel om shigellose.

• PASIENTRETTET: Species-identifikasjon for korrekt diagnose og smittevern rundt enkeltpasienter
• FOLKEHELSERETTET: Nasjonal epidemiologisk overvåkning inklusiv utbruddsdeteksjon- og etterforskning, samt overvåkning av antibiotikaresistens.

Isolering av stamme er nødvendig for å kunne skille Shigella fra enteroinvasiv E. coli (EIEC).

Alle kliniske førstegangsisolater av Shigella sendes som renkultur til FHI. Isolater som påvises ved eventuelt sykdomsresidiv mindre enn 3 måneder etter siste positive prøve skal ikke sendes inn med mindre det foreligger grunn til å mistenke reinfeksjon. Dersom Shigella isoleres fra ulike prøvematerialer (for eksempel feces, blod eller spinalvæske), bør førstegangsisolatet fra «det klinisk mest alvorlige» materialet sendes inn.

Renkulturer av isolatene skal sendes inn sammen med utfylt rekvisisjonsskjema.

• Rekvisisjon
• Innsending av prøver til mikrobiologiske undersøkelser
• Praktisk veiledning: prøvemengde, medium, kjøling og pakking

Alle innsendte Shigella-isolater helgenomsekvenseres for verifisering, artsbestemmelse og molekylærepidemiologisk typing. Mottatte Shigella dysenteriae isolater agglutineres for å påvise serotype 1.

Antibiotikaresistens bestemmes i overvåkningsøyemed (publiseres i NORM-rapporten og rapporter fra ECDC og WHO (GLASS)).

Agglutinering utføres evt. mot:

• monovalent S. dysenteriae O1
• polyvalente antisera (S. dysenteriae 1-10, S. boydii 1-15, S. flexneri, S. sonnei)

I utbruddsituasjon benyttes evt. multilokus VNTR analyse (MLVA).

Helgenomsekvensering av Shigella utføres for å påvise species [1], sekvenstype (ST) ved multilokus sekvens typing (MLST) [2] og og klustertype (CT) ved kjernegenom MLST [3].

Resistenstesting av Shigella utføres fenotypisk med EUCAST disc-diffusjonsmetode og NordicAst brytningspunkter, samt genotypisk ved hjelp av helgenomsekvensering og NCBI AMRFinder+ kjørt i Ridom SeqSphere.

Endlige svar sendes når helgenomresultat foreligger. Prøven svares ut med species identifikasjon, sekvenstype (ST) og clustertype (CT).

Vanligvis ca. tre uker etter mottak.

Analyser på Shigella-isolater er ikke akkreditert, men kvalitetskontrollert i henhold til ISO 17025 (Testings- og kalibreringslaboratorier).

Alle Shigella-isolater fryses og oppbevares i minst 10 år.

Shigellose overvåkes på EU/EØS nivå https://www.ecdc.europa.eu/en/shigellosis