Det best egnede prøvematerialet er bronkialskyllevæske. Alternativt kan indusert sputum undersøkes.
Det kan i enkelte tilfelle også være aktuelt å undersøke pleuravæske, lungebiopsi eller lungeautopsi.
P. jirovecii DNA kan også undersøkes i ekspektorat, eventuelt i munnskyllevann, men med betydelig lavere sensitivitet.
Prøvematerialet undersøkes for tilstedeværelse av Pneumocystis jirovecii DNA
Dette er en meget sensitiv undersøkelse og svake positive funn kan representere kolonisering med P. jirovecii.
P.jirovecii DNA sterk positiv :
Pneumocystis pneumoni overveiende sannsynlig.
P.jirovecii DNA moderat positiv:
Pneumocystis pneumoni overveiende sannsynlig. Funn må sammenholdes med klinikk og radiologiske funn.
P.jirovecii DNA svak positiv:
Klinisk betydning usikker. Mulig kolonisering. Behandling kan overveies hos immunsupprimert pasient.