Agensovergripende metodebeskrivelser
MLVA tarmpatogene bakterier
Innledning
Multi-locus variable-number tandem repeat analysis metoden utnytter i hovedsak den naturlige forekommende variasjonen av tandem-repeterte DNA-sekvenser (VNTR) som finnes i bakterienes genom. For E. coli er det inkludert en clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) i tillegg til utvalgte VNTRer (Lindstedt et al. 2013). MLVA-analysene som benyttes er alle basert på samme prinsipp der MLVA-metodene for S. Enteritidis (Hopkins et al., 2011) og S. Typhimurium (Lindstedt et al., 2004 og ECDC, 2011) er standardisert internasjonalt. Forskjellen mellom MLVA-metodene ligger i hvilke VNTR’er/CRISPR som er selektert for de ulike bakterie artene og primerne som benyttes for å amplifisere opp de selekterte repeterte enhetene.
Indikasjon
Ved mistanke om utbrudd benyttes MLVA i påvente av NGS for å sannsynliggjøre likhet mellom stammer. Metoden blir brukt til følgende agens vi har referansefunksjon for:
- tarmpatogene E. coli
- Listeria monocytogenes
- Salmonella entérica subspecies entérica serovar Enteritidis (S. Enteritidis)
- Salmonella entérica subspecies entérica serovar Typhimurium (S. Typhimurium)
- Shigella
- Yersinia enterocolitica serogruppe O:3 og O:9
Undersøkelsesprinsipp
Det gjennomføres først konvensjonell PCR for oppformering av målområdene (loci), deretter kapillærelektroforese for å skille dem og bestemme lengde. Lengden avleses mot en størrelsesstandard ved hjelp av GeneMapper, og gis allelnummer. Allelnumre i hvert locus settes sammen i en gitt rekkefølge, og danner en streng som kan sammenliknes bioinformatisk.
Nyttige lenker
Referanser
- Hopkins, K. L., Peters, T. M., de Pinna, E. and Wain, J. (2011) 'Standardisation of multilocus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA) for subtyping of Salmonella enterica serovar Enteritidis', Euro Surveill, 16(32).
- Lindstedt, B. A., Vardund, T., Aas, L. and Kapperud, G. (2004) 'Multiple-locus variable-number tandem-repeats analysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium using PCR multiplexing and multicolor capillary electrophoresis', J Microbiol Methods, 59(2), pp. 163-72.
- Lindstedt, B. A., Vardund, T., Aas, L. and Kapperud, G. (2004) 'Multiple-locus variable-number tandem-repeats nalysis of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium using PCR multiplexing and multicolor capillary electrophoresis', J Microbiol Methods, 59(2), pp. 163-72.
- Lindstedt, B. A., Tham, W., Danielsson-Tham, M. L., Vardund, T., Helmersson, S. and Kapperud, G. (2008) 'Multiple-locus variable-number tandem-repeats analysis of Listeria monocytogenes using multicolour capillary electrophoresis and comparison with pulsed-field gel electrophoresis typing', J Microbiol Methods, 72(2), pp. 141-8.
- Lobersli, I., Haugum, K. and Lindstedt, B. A. (2012) 'Rapid and high resolution genotyping of all Escherichia
coli serotypes using 10 genomic repeat-containing loci', J Microbiol Methods, 88(1), pp. 134-9.
- Gå til avsnitt
- Innledning
- Indikasjon
- Undersøkelsesprinsipp
- Nyttige lenker
- Referanser
