Det er flere grunner til å utføre mikrobiologisk diagnostikk ved bakterielle infeksjoner:
- Alvorlige infeksjoner
- Residiverende infeksjoner
- Mistanke om uvanlig etiologisk agens
- Mistanke om antibiotikaresistente bakterier
- Finne agens for å skille sykdommer med lik klinikk
- Epidemiologisk overvåkning i lokalmiljøet som grunnlag for empirisk behandling