Det best egnede prøvematerialet er bronkialskyllevæske. Alternativt kan indusert sputum undersøkes.
Det kan i enkelte tilfelle også være aktuelt å undersøke pleuravæske, lungebiopsi eller lungeautopsi.
P. jirovecii DNA kan også undersøkes i ekspektorat, eventuelt i munnskyllevann, men med betydelig lavere sensitivitet. Disse prøvematerialene kan ikke anvendes til P. jirovecii immunfluorescensundersøkelse.
P.jirovecii DNA sterk positiv (P. jiroveci immunfluorescens positiv eller negativ):
Pneumocystis pneumoni overveiende sannsynlig.
P.jirovecii DNA moderat positiv (og P. jirovecii immunfluorescens positiv): Pneumocystis pneumoni overveiende sannsynlig. Funn må sammenholdes med klinikk og radiologiske funn.
P.jirovecii DNA moderat positiv (og P. jiroveci immunfluorescens negativ): Pneumocystis pneumoni mulig. Funn må sammenholdes med klinikk og radiologiske funn. Behandling bør overveies hos immunsupprimert pasient.
P.jirovecii DNA svak positiv: Klinisk betydning usikker. Mulig kolonisering. Behandling kan overveies hos immunsupprimert pasient.