Minimal residual disease

• Informasjonen her gjelder analyser som tilbys ved oppfølging Målbar restsykdom (MRD) i RNA-baserte metoder. For andre MRD analyser, se ASO-qPCR og Etablering MRD-markør ALL (qPCR)
• Dersom laboratoriet ikke har mottatt materiale fra diagnostiskprøve / residivprøve, må dette ettersendes (celler/RNA/cDNA). Detaljert mutasjons-/fusjonsbeskrivelse er viktig for sammenligning med utgangsprøve. Oppgi både gen og ekson av et fusjonstranskript. Kontakt lokalt laboratorium for informasjon om utgangsprøven.
• Send blod i tillegg til benmarg ved all utredning av ALL og AML. Dette er nødvendig for å kunne beregne MRD ved oppfølging av blod.

• Oppfølging av ALL, KML og AML.

Følgende fusjonstrankript tilbys som standard MRD-oppfølging:

• KMT2A::AFF1 (utvalgte varianter)
• BCR::ABL1 (e13/14-e2) Major
• BCR::ABL1 (e1-e2) Minor
• BCR::ABL1 (e19-e2) Mikro
• CBFB::MYH11 (Type A, D og E)
• DEK::NUP214
• ETV6::RUNX1
• KMT2A::MLLT3 (utvalgte varianter)
• PML::RARA (bcr1, bcr2 og bcr3)
• TCF3::PBX1
• RUNX1::RUNX1T1

MRD for sjeldne varianter kan tilbys. Variantene nedenfor er etablert som spesifikke analyser for enkelte pasienter, og det må derfor sjekkes om analysen er egnet (samme bruddpunkt).

• BCR::ABL1 sjeldne varianter med brudd i ABL1 e3
• KAT6A::CREBBP
• KMT2A::ELL
• KMT2A::MLLT1
• KMT2A::MLLT10
• PICALM::MLLT10
• ZBTB16::RARA

MRD dersom tilstrekkelig forhøyet nivå i diagnostisk prøve, se de respektive analysene

• WT1
• PRAME

MRD for NPM1-mutasjon tilbys for følgende varianter:

NPM1:c.860_863dup(Type A)

NPM1 c.863_864insCATG (Type B)

NPM1 c.863_864insCCTG (Type D)

NPM1 c.863_864insCAGA

NPM1 c.863_864insCGCG

NPM1 c.863_864insCAAG

NPM1 c.863_864insCTTG

NPM1 c.863_864insCCGG

NPM1 c.863_864insTCGG

NPM1 c.863_864insTTCG

NPM1 c.863_864insTATG

NPM1 c.863_864insTTTG

NPM1 c.863_864insTCAG

NPM1 c.863_867delinsCTCGGCAGT

NPM1 c.867_868insCGGA

NPM1 c.870_873delinsTTTTGCCC

Ved behov vil laboratoriet designe for nye NPM1-varianter.

MRD-analyser som kun utføres i DNA:

• ASO-qPCR for IG og TR-rearrangerte gener
• ASO-qPCR for FIP1L1::PDGFRA fusjonsgen

For mutasjoner påvist med myeloidpanel, kan ikke myeloidpanel benyttes for MRD-monitorering.

Defineres av diagnose og tidspunkt under behandling.

• EDTA-blod, 4-6 ml
• Benmargsaspirat på EDTA, 3-5 ml

• Se Molekylære hematopatologi, generell informasjon

• Materialet må ikke utsettes for frost. Prøver må ankomme laboratoriet innen 24 timer, se Molekylære hematopatologi, generell informasjon

• Enhet for molekylær hematopatologi, OUS Radiumhospitalet

• 5 virkedager

Metodene baseres på kvantitativ real-time PCR (RTqPCR) eller digital PCR (RTdPCR). Dette gir et absolutt tall for kopier transkript målt i en gitt mengde cDNA. Siden transkriptnivå varierer mye fra celle til celle, må dette normaliseres med et referansegen, GUSB eller ABL1.

Beregning av MRD for ALL og AML:

Normalisert verdi (ratio) beregnes for alle prøver; Ratio=kopier markør/kopier referansegen

Ved tilgjengelig diagnostisk prøve beregnes restsykdom (MRD) ved at ratio i oppfølgingsprøve (O) normaliseres mot diagnostisk prøve (D); MRD=Ratio(O)/Ratio(D)

Ved ALL vil man i tillegg justere MRD nivået til andel blaster i diagnostisk materiale.

Ratio og MRD svares kun ut i eksponentiell notasjon (prosent oppgis ikke i tabell).

Beregning MRD for KML:

Normalisert verdi (ratio) beregnes som over, men gis ut som prosent. MRD beregnes ikke etter nivå i diagnostisk prøve, men ut fra en internasjonal skala (IS). For å beregne molekylær respons (MR) som tilsvarer log reduksjon vil normalisert verdi justeres med en faktor for å tilpasses internasjonal skala (IS). Dette gjelder kun pasienter med BCR::ABL1 (e13/14-e2) Major fusjonstranskript. MR defineres både av prøvekvalitet (referansegen) og normalisert verdi (% BCR::ABL1 IS). Se tabell.

For pasienter med andre fusjonstranskript enn e13/14-e2 vil ratio beregnes. Dersom laboratoriet har kvantitert diagnostisk materiale vil MRD beregnes og svares ut med individuell molekylær respons (IMR).

Normalisert verdi (med eller uten IS) svares ut i prosent. I tillegg vil MR/IMR besvares.

Normalisert nivå eller MRD vil kunne variere for ulike markører. Det er viktig å se på retningslinjer for hvilke nivå som definerer målbar restsykdom og retningslinjer for når man bør ta kontrollanalyse eller neste MRD.

Prøvens nedre kvantitative MRD-område:

Dette beregnes for alle oppfølgingsprøver ALL og AML og baserer seg på hvor lavt nivå som kan kvantiteres. Beregningen baserer seg på testens nedre kvantitative område, kopier referansegen i oppfølgingsprøve og nivå i diagnostisk prøve (justert for blaster dersom ALL). Prøver svares ut med beregnet kvantitative område.

For KML beregnes ikke nedre kvantitative område, men kopier referansegen vil definere om analysen kan besvares.

Dersom materialet hadde suboptimal kvalitet vil dette påvirke nedre kvantitative område slik at lav MRD ikke kan detekteres. Dersom det er suboptimal prøvekvalitet kan det ikke utelukkes at beregnet MRD kan bli påvirket. Vurder derfor om det er nødvendig med kontrollanalyse.

Maligne blodsykdommer - handlingsprogram - Helsedirektoratet