Oncomine Childhood Cancer Research Assay (OCCRA) fra Thermo Fisher er et målrettet panel for deteksjon av punktmutasjoner, delesjoner og insersjoner, kopitallendringer og fusjonstranskripter i 203 gener og vil ikke detektere alle mulige varianter.

For oversikt over inkluderte gener, se avsnittt "Nyttige lenker."

Formalinfiksert, parafininnstøpt (FFPE) vev.

Vi trenger:

• Ferdig utfylt rekvisisjonsskjema
• Kopi av histologisvar
• HE-farget snitt
• Parafinblokk med tumorvev

Parafinblokker og HE-snitt kan sendes med vanlig post. Ved forsendelse av flere kasus i samme konvolutt, påse å skille kasus slik at de ligger adskilt innad i konvolutten/forsendelsen. Gjerne egen pose per kasus.

Prøvekonvolutten merkes:

OUS-HF, Radiumhospitalet Avdeling for patologi

Seksjon for molekylærpatologi

Enhet for solide svulster

Ullernchausseen 70

0379 Oslo

Forventet svartid er innen 15 virkedager.

ION Torrent er en neste-generasjons sekvenseringsmetode fra Thermo Fisher som baserer seg på deteksjon av hydrogenioner som frigjøres ved inkorporering av baser i en voksende DNA-tråd. Dette er en massiv parallell sekvensering med flere millioner samtidige sekvenseringsreaksjoner.

Metoden bruker et forhåndsdefinert panel med primere for å oppamplifisere spesifikke målområder i DNA hvorpå det deretter kobles på adaptere og molekylære barkoder. For deteksjon av fusjonstranskripter blir RNA først omdannet til cDNA. ION Torrent benytter i neste steg emulsjons-PCR der DNA/cDNA blir klonalt amplifisert på overflaten av kuler som siden blir lastet på på en chip med milloner av mikrobrønner. Hver brønn i chipen har plass til én kule med amplifisert enkelttrådet templat og polymerase. De ulike nukleotidene blir strømmet over chipen i en fast sekvens, og ved inkorporering av en base i den voksende komplementære tråden blir det frigjort et hydrogenion som endrer pH-verdien i brønnen. Dette blir detektert av en ionesensor som sitter under hver brønn i chipen og som angir endring i pH som en spenningsforskjell. Endringen er proporsjonal med antall like baser som blir inkorporert. Rådata fra sensoren tolkes av programvare som angir DNA-sekvens.

Varianter rapporteres i henhold til HGVS nomenklatur med HG19/GRHc37 som referansegenom.

For varianter som er beskrevet i Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) oppgis COSMIC ID. Varianter som også er rapportert i kimbane, oppgis i tillegg med ClinVar accession.

For fusjonstranskripter angis 5'-donor og 3'-akseptor med gjeldende ekson-bruddpunkt.

Varianter i KIT og PDGFRA angis med aktuelt ekson.

• For DNA rapporteres kun varianter med variant allel frekvens (VAF) > 5 % og coverage > 500, samt kopitallsvarianter > 8.
• Påviste varianter annoteres ved bruk Ion Reporter 5.18, samt en rekke tilgjengelige databaser.
• Kun ikke-synonyme varianter i ekson, samt varianter nær ekson-bruddpunkt svares ut. Varianter med klassifikasjon som benign/likely benign i ClinVar rapporteres ikke ut.
• Påviste fusjonstranskripter som passerer kvalitetsparametere rapporteres.
• Vi har ikke etablert dataanalyse for påvisning av genekspresjonsnivå.

• Panelet er målrettet og vil ikke inkludere alle mulige varianter. For fusjonstranskripter kan sjeldent forekommende fusjonspartnere eller bruddpunkt medføre falskt negativt resultat.
• For estimering av kopitall må tumorandel være > 20 %.
• På grunn av instrumentets tekniske begrensinger vil varianter i forbindelse med homopolymerer tolkes konservativt.
• Ved ingen påviste varianter i KIT eller PDGFRA, vil materialet analyseres videre med fragmentanalyse og Sanger sekvensering.

Oncomine Childhood Cancer Research Assay

Gener i analysepakke GIST:

KIT, PDGFRA