Bakterie sekvensering

• Når dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram.
• Når pasienten har stått på antibiotika før prøvetaking.
• Når man antar at det er så få mikrober tilstede i prøven at de ikke vil vokse ved dyrkning.
• Ved mistanke om spesielle mikrober som er vanskelig å dyrke.

• Prøver fra normalt sterilt område.
• Kan ikke utføres på blod eller fra blodkulturflasker.
• Prøver fra nedre lufveier undersøkes ikke, da de som regel er forurenset av annen luftveisflora ved prøvetaking.

• Prøver må ankomme laboratoriet så raskt som mulig etter prøvetaking, helst i løpet av 2 døgn for å unngå tap av mikrobielt DNA.
• Prøver må ikke fryses, men oppbevares i kjøleskap før forsendelse.
• Kan transporteres i romtemperatur.

Sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR). Dersom denne er positiv, gjøres sekvensering av 16S rDNA-regionen i det bakterielle DNA-produktet. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.

Prøven videresendes til Oslo universitetssykehus, Ullevål.

• Bakterielt DNA: Kvalitativt (f.eks. Påvist/Ikke påvist).
• Videre sekvensert bakterielt DNA: Taksonomi (mikrobenavn, subtype osv.).

• 4-7 virkedager.
• Lokale variasjoner kan forekomme.

• Spesifikke DNA undersøkelser er mer sensitive og bør prioriteres når de er tilgjengelige.
• Analysen er ressurs- og tidkrevende, sekvensering gjøres derfor ikke på prøver med dårlig klinisk indikasjon eller hvor prøvematerialet er uegnet for analysen.
• Analysen er mindre egnet der det foreligger en blanding av flere bakterier i prøvematerialet.