Segmental Overvekst

• Genpanel for segmental overvekst og vaskulære malformasjoner inkluderer gener forbundet med vaskulære malformasjonsyndromer (f. eks. Mb. Osler, kapillær malformasjon-arteriovenøs malformasjon, multiple cerebrale kavernomer og hereditært lymfødem) samt somatiske mosaikktilstander kjennetegnet ved segmental overvekst, isolerte vaskulære malformasjoner eller typiske hudforandringer (f. eks. PIK3CA-relatert overvekst og Proteus syndrom).
• For tilstander hvor det er mistanke om somatisk mosaisisme (eksempelvis PIK3CA-relatert overvekst, isolert vaskulær malformasjon eller typiske hudforandringer) må vi undersøke DNA fra affisert vev. Prøvemateriale kan være en biopsi fra affisert hud, eller kirurgisk preparat fjernet i forbindelse med operasjon. OBS! Formalinfikserte preparater er ikke egnet for dypsekvensering, prøvematerialet bør fryses eller oppbevares kortvarig i saltvann. Hudbiopsi bør ikke dyrkes forut for eksomanalyse. Mistenkes Beckwith-Wiedemann syndrom eller isolert hemihyperplasi må det utføres egen metyleringssensitiv MLPA-analyse.
• DNA fra affisert vev eksomsekvenseres med høy lesedybde for å muliggjøre påvisning av varianter i lavgradig mosaikk. DNA fra blod genomsekvenseres etter standard protokoll. Lavgradige mosaikk-varianter blir ikke detektert i bioinformatisk pipeline, men vi undersøker rådata hvis rekvirent ber om/mistenker et eller flere spesifikke gener. For å detektere lavgradige mosaikk-varianter justeres allelfrekvensen fra 0,25 til ned til 0,02, og eksoner eller spesifikke områder sjekkes manuelt for varianter (se avsnitt under for PIK3CA). Eventuelle funn verifiseres før rapportering.
• For pasienter med PIK3CA-relaterte sykdommer (PROS) må spesifikke posisjoner (se under) og områder rundt kontrolleres manuelt. Posisjonene som undersøkes er basert på Venot Q et al., 2018 Nature 558;540, hvor det er rapportert mange PROS-pasienter med sykdomsgivende mosaikkvarianter. Noen av posisjonene ligger i ekson som er affisert av segmentale duplikasjoner.

For tilstander hvor det er mistanke om somatisk mosaisisme må vi undersøke DNA fra affisert vev. Prøvemateriale kan være en biopsi fra affisert hud, eller kirurgisk preparat fjernet i forbindelse med operasjon. OBS! Formalinfikserte preparater er ikke egnet for dypsekvensering, prøvematerialet bør fryses eller oppbevares kortvarig i saltvann. Hudbiopsi bør ikke dyrkes forut for eksomanalyse.

Lavgradig mosaikk-varianter < 10% er vanskelig å detektere i bioinformatisk pipeline, og manuell inspeksjon av rådatata er nødvendig. Dette er tidkrevende og bør begrenses til et lite antall gen. Alle varianter < 10% verifiseres med ddCPR

For informasjon om hvilke gener som inngår i tidligere, utgåtte versjoner av panelet, vises det til genliste på Genetikkportalen (www.genetikkportalen.no).

Det utføres genomsekvensering med kopitallsanalyse ved analyse av DNA fra blod.

Se Metodebeskrivelse og -begrensninger

• Medisinsk-genetiske analyser