Analyser

SARS-CoV-2 variant screening (PCR)

Sist oppdatert: 12.05.2021
Utgiver: Norsk forening for medisinsk mikorbiologi
Versjon: 1.0
Kopier lenke til dette emnet
Foreslå endringer/gi kommentarer

Indikasjon 

Screening for kritiske varianter utføres automatisk på alle luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2.

Følgende kritiske varianter blir undersøkt (Nextstain/Pangolin klassifikasjon):

  • 501Y.V1/B.1.1.7, også kjent som "UK variant"
  • 501Y.V2/B1.351, også kjent som "Sør-Afrika variant"
  • 501Y.V3 /P1, også kjent som "Brasil variant"

 

I tillegg utføres helgenomsekvensering for endelig typebestemmelse kun på et utvalg i ledd i nasjonal overvåkning. Svar på sekvensering gis ikke ut enkeltvis, med mindre dette er spesielt avtalt.

Rekvirering  

Intern rekvirering

Undersøkelsesprinsipp 

Kvalitativ in-house påvisning av SARS-CoV-2 RNA varianter med sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR).

Svar 

SARS-CoV-2 variant Påvist/Ikke påvist

Svartid 

1-3 dager etter påvist resultat  SARS-CoV-2 RNA

Tolkning 

Svar Tolkning
501Y.V1 sannsynlig Svaret indikerer funn av"UK variant"/B.1.1.7
501Y.V2/501Y.V3 sannsynlig Svaret indikerer funn av"Sør-Afrika variant" eller "Brasil variant"
Ikke påvist "UK variant", "Sør-Afrika variant" eller "Brasil variant" ikke funnet. Viruset tilhører en annen lineage*
Inkonklusivt Analysen var ikke vellykket og det lar seg ikke avgjøre om variant foreligger heller ikke. Sannsynlig årsak er for lav virusmengde.

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.

Akkreditert 

Analysen er ikke akkreditert