BRAF - NRAS CRC Vevsprøver

BRAF Idylla

Seksjon for Molekylærpatologi under Patologiavdelingen gjør diagnostikk av kolorektalkreft med variantanalyse av BRAF-genet (B-type Raf kinase) på isolerte nukleinsyrer fra parafininsstøpt materiale fra tumor. BRAF er en essensiell biomarkør i colorectalcancer da en mutasjon i BRAF-genet er en av få genforandringer som det er godkjent målrettet behandling for. I tillegg kan man bruke BRAF-mutasjonsanalyse for å avklare om en MSI positiv tumor indikerer en sporadisk eller arvelig mikrosatelittinstabilitet (MSI). MSI positiv tumor med samtidig BRAF-mutasjon indikerer sporadisk årsak til MSI, mens fravær av BRAF-mutasjon (altså normal BRAF-mutasjonsstatus) indikerer arvelig årsak til MSI (dvs. mulig Lynch syndrom, hvilket generer henvisning og videre utredning hos genetiker).

Prøvemateriale

Idylla™ NRAS-BRAF Mutation Test er validert for snitt fra formalinfiksert kolorektalt vev støpt i parafinblokker (FFPE)

HE-farget snitt markeres for å makrobeskjære utvalgte områder fra blokker til å inneholde et minimum av 10% neoplastiske celler nødvendig for analysen.

Forventet svartid

Forventet svartid er innen 7 virkedager.

Undersøkelsesprinsipp

Idylla™ NRAS-BRAF Mutation Test er en fullautomatisert, multipleks PCR-test som utføres på Biocartis Idylla™-systemet.

Idylla^TM NRAS-BRAF mutation test fra Biocartis kombinerer analyse av NRAS og BRAF V600.

En internkontroll tester for mengde amplifiserbart DNA i prøven. Idylla programvare tolker signalene fra PCR-reaksjonen i pasientprøven og en internkontroll. Dette avgjør genotypen som er avhengig av forskjellen mellom Cq som ble oppnådd i variantsignaler og BRAF-kontrollens Cq. Dersom det er flere varianter tilstede rapporteres den dominante.

Svar

Resultatet rapporteres som:

• Variant påvist (med beskrivelse av variant som ble påvist).
• Variant ikke påvist

Måleusikkerhet

• Metoden er validert for FFPE fra vev med opphav fra kolorektal tumor.
• Bruk av prøver som ikke oppfyller kriterier for mengde vev, amplifiserbart DNA eller andel neoplastiske celler kan medføre upålitelig eller ugyldig resultat.
• Idylla™ NRAS-BRAF Mutation Test kan påvise allelefrekvenser ≥ 5 % i BRAF-genet i kodon 600.
• Variantene p.Val600Glu/p.Val600Asp (c.1799 >A; c1799_1800delinsAA/c.1799_1800delinsAC) og p.Val600Lys/p.Val600Arg (c.1798_1799delinsAA/c.1798_1799delinsAG) kan påvises og rapporteres som V600E/D eller V600K/R.

Nyttige lenker

• Clinical performance evaluation of the Idylla NRAS-BRAF mutation test on retrospectively collected formalin-fixed paraffin-embedded colorectal cancer tissue
• TECHNICAL SHEET IDYLLA™ NRAS-BRAF MUTATION TEST
• Specimen Requirements US - Sheet - Oct2023.pdf (biocartis.com)