Metagenomisk mikrobepåvisning

• Pasienter med klinisk mistanke om CNS infeksjon (encefalitt, meningitt eller myelitt) hvor agens ikke er påvist ved annen diagnostikk.
• Analysen er så langt kun validert for påvisning av virus og bakterier.

• Analysen er en "ikke- hypotesedrevet" påvisningmetode for mikrober og er spesielt egnet for mikrober og agens hvor spesifikk PCR diagnostikk enten ikke er etablert eller ikke er tilgjengellig.
• Analysen ansees ikke som like sensitiv som spesifikk PCR, og vil ha de samme begrensninger som andre molekylære metoder ved at den kun kan påvise DNA/RNA fra agens som er eller har vært tilstede i materialet.
• Prioner vil ikke kunne påvises.

• Spinalvæske på sterile prøveglass uten tilsetning (helst 1 mL, minimum 600 μL).
• Ønskelig at spinalvæsken fryses ved -80 °C innen 24 timer etter spinalpunksjon.
• Ved forsendelse er det ønskelig at spinalvæsken transporteres nedfrosset.

Kliniske opplysninger må foreligge og vedlegges prøven (bruk OUS henvisning metagenomikk.pdf).

Det er påkrevet at rekvirent kontakter laboratoriet pr telefon før prøven rekvireres og sendes ( kl 08-16; vakthavende viruslege: 90 15 77 30, evt. vakthavende bakteriolog 22 11 88 28).

Metagenomisk mikrobepåvisning er en analyse basert på dypsekvensering av alt DNA og RNA i en pasientprøve (spinalvæske), etter delvis fjerning av humant DNA.

Det utføres samtidig ekstraksjon av DNA og RNA. RNA omdannes til komplementært DNA (cDNA) ved revers transkripsjon, og DNA og cDNA sekvenseres med Illumina-teknologi. Resultatene gjennomgår bioinformatiske analyser, teknisk vurdering og medisinsk validering.

Analysens sensitivitet påvirkes av tidspunkt for prøvetaking i sykdomsforløpet.

Metoden kan påvise mikrober som ikke nødvendigvis har klinisk relevans for aktuell infeksjon. Dette bør rekvirerende lege og pasient være kjent med før analysen bestilles.

Seksjon for utvikling, OUS Ullevål.

Ca  7 - 14 dager fra prøven er mottatt.

Analysen vil besvares for virus-DNA, virus-RNA og bakterie-DNA med "Påvist" og angivelse av agens, "Ikke påvist" eller "Inkonklusiv" (dersom de tekniske kriterer for analysen ikke er oppfylt). Funn vil bli ringt til rekvirent.

Analysen er svært ressurs- og tidkrevende og gjøres derfor ikke på prøver med dårlig klinisk indikasjon eller på uegnet eller for lite prøvemateriale. Annen diagnostikk bør være utført før analysen rekvireres.

Helfotakst tilsvarer ca 4500 kr.