• Det er begrenset nasjonal analysekapasitet. Det foretas derfor ukentlig prioritering av pasienter som får tilgang til analysen. Mer informasjon se, her

• TSO 500 (TruSight Oncology 500 HT, Illumina) brukes til utvidet molekylær diagnostikk av solide svulster og hematologisk kreft. Analysen kan gi informasjon om genforandringer som kan være indikasjon for utprøvende kreftbehandling eller som i særskilte tilfeller kan ha diagnostisk informasjon.
• Målrettet sekvensering av DNA (523 gener) og av RNA (55 gener) detekterer mutasjoner, kopitallsendringer og/eller rearrangeringer. Analysen gir også et estimat på tumormutasjonsbyrde (TMB) og mikrosatelittinstabilitet-status (MSI).

• TSO500 bestilles via rekvisisjon: Utvidede molekylære analyser InPreD
  • For mer informasjon om utfylling av rekvisisjon, se her

• Relevante kliniske opplysninger er nødvendig for seleksjon av materiale og best mulig vurdering av analyseresultat.
• Kommenter i rekvisisjonen om ny biopsi er tatt/ ev. dato planlagt til denne analysen.

• Det må kommenteres tydelig dersom prøvemateriale innsendt til ordinær histopatologisk analyse også er tiltenkt utvidet genpanelanalyse med TSO500 (på histologirekvisisjon). Dette for å sikre nok materiale til analysen og riktig prosessering før DNA/RNA ekstraksjon. Fyll da i tillegg ut rekvisisjonen: Utvidede molekylære analyser InPreD

• Fortrinnsvis formalinfiksert, parafininnstøpt (FFPE) tumorvev eller cytoblokk
• Ferskfrosset tumorvev eller cellepellet. Materiale må sendes på tørris.
• Blod/benmarg (sendes som ordinær molekylærpatologisk undersøkelse via MolPat med rekvisisjonen «Utvidede molekylære analyser InPreD» i tillegg til ordinær MolPat rekvisisjon: Molekylær hematopatologi
• Ferdig isolert DNA/RNA fra tumorvev. Ekstrahert materiale må sendes på tørris.

Ved spørsmål, kontakt Enhet for studierelatert diagnostikk, prøvemottak, tlf: 22 78 24 46

Vi trenger:

• Ferdig utfylt rekvisisjonsskjema; «Utvidede molekylære analyser InPreD».
• Utvalgt prøvemateriale
• Kopi av alle relevante rekvisisjoner

• For pasienter som har materiale på OUS innhenter vi materiale og rekvisisjon selv.

Forsendelse av ferskfrosset materiale:

• Dersom ferskfrosset materiale/DNA/RNA skal sendes, må det legges på tørris og holdes fryst. Ved forsendelse fra annet sykehus enn OUS, må prøvene sendes i boks med tilstrekkelig tørris (3 kg per døgn)

Adresse for levering av prøver/materiale og rekvisisjoner InPreD:

InPreD OUS-HF,

Radiumhospitalet

Enhet for studierelatert diagnostikk

Avdeling for patologi

OCCI, Blå lamell, Inngang 2A

Ullernchaussen 64

0379 Oslo

Leveres til bemannet resepsjon (4.etg.). Adgangskontroll, benytt ringeklokke ved dør. Se Åpningstider (Ekspedisjon, generelle henvendelser)

Send mail til inpred.forsendelse@ous-hf.no om at forsendelsen er underveis. Det er ønskelig at tracking-nummer oppgis. Mer informasjon se, her

• InPreD, Avdeling for patologi, Enhet for studierelatert diagnostikk. OUS-HF, Radiumhospitalet

Mer informasjon se, her

• Forventet svartid fra tumormateriale er mottatt er ca. 4-5 uker.

• Det benyttes 'neste-generasjons sekvensering' (NGS) fra Illumina.
• Programvare fra Illumina og Personal Cancer Genome Reporter (PCGR; PMID: 29272339), som er inkorporert i en egenutviklet bioinformatisk metode, brukes til deteksjon og annotering av varianter. Analysen er kjørt i "Tumor only"-innstilling og populasjonsdatabaser er benyttet for å ekskludere frekvente kimbanevarianter. Kvalitetssikring blir gjennomgått per enhet (chip) og per prøve sekvensert.
• For estimering av TMB benyttes antall ikke-synonyme mutasjoner detektert innenfor kodende DNA-områder delt på antall megabaser sekvensert. Filter for varianter som inngår i TMB-beregningen er satt til minimum 5% variant allelfrekvens og minimum 50 sekvensfragmenter som dekker mutasjonssete.
• TSO500-panelet analyserer 130 predefinerte MSI-seter for vurdering av MS-status. Et minimum av 40 slike seter må være analyserbare for å kunne pålitelig konkludere MS-status.
• For RNA analyse: En påvist rearrangering (fusjon eller spleisevariant) må ha minst 3 unike sekvenser (reads) som støtter funnet.
• I tillegg benyttes en rekke tilgjengelige databaser for funksjonsvurdering av varianter.

• Som hovedregel rapporteres kun varianter med klinisk og/eller diagnostisk relevans. Varianter annoteres med HG19/GRHc37 som referansegenom i henhold til Human Genome Variation Society (HGVS) nomenklatur. Kopitallsendringer rapporteres som hovedregel for klinisk relevante gener. Fusjoner og spleisevarianter (RNA) rapporteres som hovedregel ved funn av sannsynlig funksjonelt produkt.

• Vedlagt ordinær rekvisisjon/rapport følger et vedlegg med detaljer om detekterte varianter og tilleggsinformasjon. Utfyllende beskrivelse av vedlegget finnes her

• Genvarianter som rapporteres er ikke-synonyme punktmutasjoner (missense), mindre insersjoner og delesjoner i kodende område, samt ekson/intron overganger.
• Kopitallsendringer rapporteres som hovedregel kun ved kopitall >6 og klinisk relevante kopitallstap.
• TMB rapporteres som antall mutasjoner per megabase.
• MSI-status rapporteres som «stabil» (< 10% ustabile seter), «antatt ustabil» (10%-20% ustabile seter) eller «ustabil» ( >20% ustabile seter).
• Fusjonstranskripter angis 5'-donor og 3'-akseptor med gjeldende ekson-bruddpunkt.

• Panelet er målrettet og vil ikke inkludere alle mulige varianter. Metodens sensitivitet vil dessuten påvirkes av prøvematerialets kvalitet og tumorandel i prøven. For estimering av kopitall må tumorandel som hovedregel være > 20 %.

• Resultater og tolkning er i henhold til, og innenfor rammene av kvalitet på prøvemateriale, det genomiske dekningsområdet til genpanelet, metodologi og anvendte kunnskapsdatabaser ved analysetidspunkt. Den operasjonelle pipelinen for TSO500-analyser ved InPreD OUS er i en utviklingsfase.

• Informasjon fra leverandør og genlister: • trusight-oncology-500-and-ht-data-sheet-m-gl-00173.pdf (illumina.com)
• Kontaktinformasjon enhet for studierelatert diagnostikk