Nestegenerasjons sekvensering (NGS) av sannsynlig tarmpatogene E. coli er hovedanalyseprinsippet for den nasjonale referansefunksjonen, og resultatene herfra representerer vanligvis endelig resultat for et isolat.

EHEC-isolater med stx2 subtype (bestemt ved PCR) som medfører at isolatet karakteriseres som høyvirulent, prioriteres til analysen.

Inngår som hovedanalyse for følgende patotyper av tarmpatogene E. coli

• EHEC
• EPEC (aEPEC, EHEC-LST, tEPEC)
• ETEC
• EIEC
• EAEC

Renkultur av sannsynlig tarmpatogen E. coli

• Ekstrahering: MagnaPure
• Bibliotekspreparering: KAPA Hyper Plus
• Sekvensering: Illumina Miseq eller NextSeq
• Prosessering av sekvensdata: Trimmomatic, SPAdes, + FHI-intern trimming av contigs med dårlig kvalitet
• Bioinformatiske analyser: Species (Kraken), serotype, virulensgener, MLST (Warwick), kjernegenom clustrtype (CT; Enterobase), clustringsanalyse (SeqSpere)

For høyvirulente EHEC (stx2a, stx2c, stx2d) og evt. invasive isolat (uavhengig av patotype) er svartiden ca. 2 uker fra mottatt renkultur.

For andre tarmpatogene E. coli er svartiden for NGS vanligvis ca. 3 uker fra mottatt renkultur.

NGS-analysen for tarmpatogene E. coli er foreløpig ikke akkrediert, men kvalitetskontrollert i henhold til ISO 17025-standarden.

EnteroBase

cgMLST