Vis emner som begynner på ...
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
Æ
Ø
Å

HTS analysepakke - Ependymom

Sist oppdatert: 01.09.2023
Utgiver: Oslo universitetssykehus
Versjon: 1.0
For tilgang til tidligere versjoner, kontakt redaktøren.
Kopier lenke til dette emnet
Foreslå endringer/gi kommentarer

Viktig informasjon 

Oncomine Childhood Cancer Research Assay (OCCRA) fra Thermo Fisher er et målrettet panel for deteksjon av punktmutasjoner, delesjoner og insersjoner, kopitallendringer og fusjonstranskripter i 203 gener og vil ikke detektere alle mulige varianter.

For oversikt over inkluderte gener, se avsnittt "Nyttige lenker."

Prøvemateriale 

Formalinfiksert, parafininnstøpt (FFPE) vev.

Oppbevaring og forsendelse 

Vi trenger:

  • Ferdig utfylt rekvisisjonsskjema
  • Kopi av histologisvar
  • HE-farget snitt
  • Parafinblokk med tumorvev

 

Parafinblokker og HE-snitt kan sendes med vanlig post. Ved forsendelse av flere kasus i samme konvolutt, påse å skille kasus slik at de ligger adskilt innad i konvolutten/forsendelsen. Gjerne egen pose per kasus.

 

Prøvekonvolutten merkes:

OUS-HF, Radiumhospitalet Avdeling for patologi

Seksjon for molekylærpatologi

Enhet for solide svulster

Ullernchausseen 70

0379 Oslo

Forventet svartid 

Forventet svartid er innen 15 virkedager.

Undersøkelsesprinsipp 

ION Torrent er en neste-generasjons sekvenseringsmetode fra Thermo Fisher som baserer seg på deteksjon av hydrogenioner som frigjøres ved inkorporering av baser i en voksende DNA-tråd. Dette er en massiv parallell sekvensering med flere millioner samtidige sekvenseringsreaksjoner.

 

Metoden bruker et forhåndsdefinert panel med primere for å oppamplifisere spesifikke målområder i DNA hvorpå det deretter kobles på adaptere og molekylære barkoder. For deteksjon av fusjonstranskripter blir RNA først omdannet til cDNA. ION Torrent benytter i neste steg emulsjons-PCR der DNA/cDNA blir klonalt amplifisert på overflaten av kuler som siden blir lastet på på en chip med milloner av mikrobrønner. Hver brønn i chipen har plass til én kule med amplifisert enkelttrådet templat og polymerase. De ulike nukleotidene blir strømmet over chipen i en fast sekvens, og ved inkorporering av en base i den voksende komplementære tråden blir det frigjort et hydrogenion som endrer pH-verdien i brønnen. Dette blir detektert av en ionesensor som sitter under hver brønn i chipen og som angir endring i pH som en spenningsforskjell. Endringen er proporsjonal med antall like baser som blir inkorporert. Rådata fra sensoren tolkes av programvare som angir DNA-sekvens.

Svar 

Varianter rapporteres i henhold til HGVS nomenklatur med HG19/GRHc37 som referansegenom.

For varianter som er beskrevet i Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) oppgis COSMIC ID. Varianter som også er rapportert i kimbane, oppgis i tillegg med ClinVar accession.

For fusjonstranskripter angis 5'-donor og 3'-akseptor med gjeldende ekson-bruddpunkt.

Tolkning 

  • For DNA rapporteres kun varianter med variant allel frekvens (VAF) > 5 % og coverage > 500, samt kopitallsvarianter > 8.
  • Påviste varianter annoteres ved bruk Ion Reporter 5.18, samt en rekke tilgjengelige databaser.
  • Kun ikke-synonyme varianter i ekson, samt varianter nær ekson-bruddpunkt svares ut. Varianter med klassifikasjon som benign/likely benign i ClinVar rapporteres ikke ut.
  • Påviste fusjonstranskripter som passerer kvalitetsparametere rapporteres.
  • Vi har ikke etablert dataanalyse for påvisning av genekspresjonsnivå.

Målusikkerhet 

  • Panelet er målrettet og vil ikke inkludere alle mulige varianter. For fusjonstranskripter kan sjeldent forekommende fusjonspartnere eller bruddpunkt medføre falskt negativt resultat.
  • For estimering av kopitall må tumorandel være > 20 %.
  • På grunn av instrumentets tekniske begrensinger vil varianter i forbindelse med homopolymerer tolkes konservativt.

Annet 

Gener i analysepakke Ependymom (kun analyse av RNA):

 

RELA, YAP1, MN1, MAML2, NTRK1/2/3

Fant du det du lette etter?
Ja
Nei
Så bra. Fortell oss gjerne hva du var fornøyd med.
Vi kan ikke svare deg på tilbakemeldingen din, men bruker den til å forbedre innholdet. Vi ber om at du ikke deler person- eller helseopplysninger.
Send
Kan du fortelle oss hva du var ute etter?
Vi kan ikke svare deg på tilbakemeldingen din, men bruker den til å forbedre innholdet. Vi ber om at du ikke deler person- eller helseopplysninger.
Send