Oncomine Childhood Cancer Research Assay (OCCRA) fra Thermo Fisher er et målrettet panel for deteksjon av punktmutasjoner, delesjoner og insersjoner, kopitallendringer og fusjonstranskripter i 203 gener og vil ikke detektere alle mulige varianter.
For oversikt over inkluderte gener, se avsnittt "Nyttige lenker."
Formalinfiksert, parafininnstøpt (FFPE) vev.
Vi trenger:
Parafinblokker og HE-snitt kan sendes med vanlig post. Ved forsendelse av flere kasus i samme konvolutt, påse å skille kasus slik at de ligger adskilt innad i konvolutten/forsendelsen. Gjerne egen pose per kasus.
Prøvekonvolutten merkes:
OUS-HF, Radiumhospitalet Avdeling for patologi
Seksjon for molekylærpatologi
Enhet for solide svulster
Ullernchausseen 70
0379 Oslo
Forventet svartid er innen 15 virkedager.
ION Torrent er en neste-generasjons sekvenseringsmetode fra Thermo Fisher som baserer seg på deteksjon av hydrogenioner som frigjøres ved inkorporering av baser i en voksende DNA-tråd. Dette er en massiv parallell sekvensering med flere millioner samtidige sekvenseringsreaksjoner.
Metoden bruker et forhåndsdefinert panel med primere for å oppamplifisere spesifikke målområder i DNA hvorpå det deretter kobles på adaptere og molekylære barkoder. For deteksjon av fusjonstranskripter blir RNA først omdannet til cDNA. ION Torrent benytter i neste steg emulsjons-PCR der DNA/cDNA blir klonalt amplifisert på overflaten av kuler som siden blir lastet på på en chip med milloner av mikrobrønner. Hver brønn i chipen har plass til én kule med amplifisert enkelttrådet templat og polymerase. De ulike nukleotidene blir strømmet over chipen i en fast sekvens, og ved inkorporering av en base i den voksende komplementære tråden blir det frigjort et hydrogenion som endrer pH-verdien i brønnen. Dette blir detektert av en ionesensor som sitter under hver brønn i chipen og som angir endring i pH som en spenningsforskjell. Endringen er proporsjonal med antall like baser som blir inkorporert. Rådata fra sensoren tolkes av programvare som angir DNA-sekvens.
Varianter rapporteres i henhold til HGVS nomenklatur med HG19/GRHc37 som referansegenom.
For varianter som er beskrevet i Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) oppgis COSMIC ID. Varianter som også er rapportert i kimbane, oppgis i tillegg med ClinVar accession.
For fusjonstranskripter angis 5'-donor og 3'-akseptor med gjeldende ekson-bruddpunkt.
Gener i analysepakke Ependymom (kun analyse av RNA):
RELA, YAP1, MN1, MAML2, NTRK1/2/3