Biokjemiske analyser som begynner på ...
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
Æ
Ø
Å
1
2
5

Laktasegenotyping (Laktoseintoleransegentest), B

Sist oppdatert: 20.01.2023
Utgiver: Vestre Viken HF
Versjon: 1.2
Kopier lenke til dette emnet
Foreslå endringer/gi kommentarer

Indikasjoner 

Magesmerter, diaré og luftplager hvor man mistenker at årsaken kan være genetisk betinget (primær) laktoseintoleranse. Testen er ikke aktuell på små barn, som har bibeholdt laktaseaktivitet (under 3-5 år).

 

Laktasemangel sekundært til tarmsykdommer som cøliaki, akutt gastroenteritt og inflammatorisk tarmsykdom vil ikke fanges opp av denne testen, og heller ikke andre former for melke­intoleranse eller allergi overfor melkeproteiner. En meget sjelden og potensielt livstruende kongenitt form for laktasemangel hvor laktase er fraværende fra fødselen, kan heller ikke påvises med denne gentesten.

Prøvetakingsrutiner 

Pasientforberedelse

Alle genetiske analyser reguleres av "Lov om humanmedisinsk bruk av bioteknologi m.m.(Bioteknologiloven)".

Man kan som hovedregel kun teste på pasienter ved symptomer forenelig med laktoseintoleranse.

 

Prøvetaking

Minimum 1 mL EDTA-blod.

Referanseområder 

Tekstet svar. Det angis hvilken genotype som er påvist og hva dette innebærer.


Genotype avhenger av etnisk bakgrunn. c.-13907C >G (rs41525747), c.-13913T >C (rs41456145) og c.-13915T >G (rs41380347) er kjente sjeldne arabiske/afrikanske varianter, som normalt gir laktasepersistens. Disse videresendes for utvidet analysering. Eget svar følger.

Tolkning 

Genvariant Klinisk tolkning
c.-13910C

homozygot C/C: laktase non-persistens,

d.v.s. laktoseintoleranse gradvis innsettende i barnealder

c.-13910C >T

homozygot T/T eller heterozygot C/T: laktasepersistens,

d.v.s. normalt laktosetoleranse livet ut

 

Tilstedeværelse av T i posisjon -13910, enten i heterozygot (CT) eller homozygot (TT) form, medfører laktasepersistens. Hos en voksen person av europeisk avstamning vil CC-homozygoti tilsi primær (genetisk betinget eller arvelig) laktasemangel. CC-homozygote barn taper laktase gradvis. Det er individuelt når laktasemangelen blir manifest. Hos nord-europeere viser laktasemangelen seg ofte ved 8–12-års alder. Symptomer på laktasemangel er sjelden før 5-års alder. Hvorvidt man opplever laktoseintoleranse eller ikke avhenger av mengden laktose som inntas og individuelle faktorer. Selv om man har genetisk betinget laktase­mangel er det vanlig å tolerere litt melk, ca. 2 dL/døgn. Generelt er det viktig å unngå unødig kostrestriksjon, særlig hos barn hvor melk og melkeprodukter er viktige næringskilder.

 

Hos personer av ikke-europeisk avstamning er -13910 CC-homozygoti vanlig. De kan imidlertid ha andre genvarianter assosiert med laktasepersistens, men dette avhenger av etnisk bakgrunn. -139015T >G er vanlig i Midtøsten, mens -13907C >G, -14010G >C og -14009T >G er hyppigst påvist i ulike befolkningsgrupper i Øst-Afrika. Alle disse genvariantene nedarves dominant, det vil si at én enkeltbasesubstitusjon i en av de nevnte posisjonene i minst ett allel er tilstrekkelig for å gi laktaspersistens. Å bare teste -13910C >T-genvarianten hos personer av ikke-europeisk etnisitet medfører risiko for overdiagnostisering av primær laktoseintoleranse. Da det sannsynligvis finnes flere, sjeldne genvarianter assosiert med laktasepersistens i ulike befolkningsgrupper som ikke omfattes av noen gentester, må analyseresultater hvor det ikke påvises laktase­persistens-genvarianter tolkes med forsiktighet, og ved tvil anbefales å supplere med fenotype­under­søkelser som laktosebelastning eller «pusteprøve» med måling av hydrogen og metan i ekspirasjonsluften etter inntak av laktose. Selv om man har en genotype forenlig med primær laktasemangel, betyr ikke dette nødvendigvis at det forklarer pasientens symptomer. Pasienter med primær laktasemangel kan også få sykdom som gir sekundær laktoseintoleranse, og det er viktig at man ikke overser eventuell baken­for­liggende sykdom.

Bakgrunn 

Enzymet laktase i tynntarmsslimhinnen er nødvendig for å fordøye laktose (melke­sukker). Hos de fleste mennesker i verden avtar laktaseaktiviteten gradvis i barne- eller ungdomsårene til ca. 5–10 % av spedbarnsnivå. Dette fører til nedsatt evne til å fordøye laktose og økt risiko for laktose­intoleranse, med symptomer som magesmerter, luftplager og diaré etter inntak av melk og melkeprodukter. Hos ca. 1/3 av jordens befolkning skjer imidlertid ikke denne enzymnedreguleringen, og de kan også i voksen alder fordøye laktose. Denne egenskapen, som kalles laktasepersistens, har varierende hyppighet i ulike deler av verden og er vanligst i Nord-Europa, med en frekvens på over 90 % i Skandinavia.

 

Det er funnet at enkeltbasesubstitusjoner (single nucleotide polymorphisms, SNP) i intronsekvenser i genet MCM6, et gen­regulatorisk område lokalisert ca. 14000 basepar unna selve laktasegenet (LCT), påvirker genuttrykket. Endringen fører til at den vanlige nedreguleringen av laktaseaktiviteten etter dieperioden ikke skjer. I Europa samt i områder av Asia skyldes laktasepersistens polymorfismen -13910C >T. I andre deler av verden er denne genvarianten mer sjelden eller fraværende, og laktasepersistens skyldes andre polymorfismer. Genvarianter assosiert med laktasepersistens som hittil er påvist er, i tillegg til -13910C >T, -13907C >G, -13915T >G og -14010G >C [1], samt -14009T >G [2,3]. Høyst sannsynlig finnes det flere andre, sjeldne genvarianter forbundet med laktasepersistens (deriblant mulig -14011C >T [3,4] og -13914G >A [5]) .

Nomenklatur 

SNP HGVS-nomenklatur Annen nomenklatur
-13910C >T

NC_000002.12:g.135851076G >A;

LRG_338:g.9094C >T

rs4988235
13907C >G

NC_000002.12:g.135851073G >C;

LRG_338:g.9097C >G

rs41525747
-13915T >G

NC_000002.12:g.135851081A >C;

LRG_338:g.9089T >G

rs41380347
-14010G >C

NC_000002.12:g.135851176C >G;

LRG_338:g.8994G >C

rs145946881
-14009T >G NC_000002.12:g.135851175A >C rs869051967

Målemetode og utførende laboratorium 

Utførende laboratorium: Drammen

  • Instrument: LightCycler 480 (Roche)
  • Metode: PCR med smeltekurveanalyse

Referanser 

  1. OMIM #223100, Lactose intolerance, adult type.
  2. Jones BL et al. Diversity of lactase persistence alleles in Ethiopia: signature of a soft selective sweep. Am J Hum Genet 2013 Sep 5;93(3):538-44.
  3. Ségurel L and Bon C. On the Evolution of Lactase Persistence in Humans. Annu Rev Genomics Hum Genet 2017 Aug 31;18:297-319.
  4. Liebert A et al. In vitro functional analyses of infrequent nucleotide variants in the lactase enhancer reveal different molecular routes to increased lactase promoter activity and lactase persistence. Ann. Hum. Genet. 2016;80:307–18.
  5. Khabarova Y et al. The -13914G >A variant upstream of the lactase gene (LCT) is associated with lactase persistence/non-persistence. Scand J Clin Lab Invest. 2010 Sep;70(5):354-7.