ctDNA(P)-KRAS-gen

Analysen er p.t. kun tilgjengelig i et forskningsprosjekt.

Påvisning av sirkulerende tumor-DNA (ctDNA) i KRAS-genet ved langtkommen/metastatisk kreftsykdom der dette kan ha terapeutisk betydning (1). Grunnet begrenset sensitivitet, er metoden ikke egnet i tidlig stadie av en kreftsykdom (se illustrasjon).

Analysen er kun tilgjengelig etter avtale.

Streck Cell-Free DNA rør (prosessert innen 3 døgn) eller K2EDTA rør (prosessert
innen 4 timer).

Døgnvariasjon, infeksjoner, tumorrettet behandling, matinntak, pågående infusjoner, blodtransfusjoner og kroppsstilling (pasienten bør sitte 10-15 min. i ro før prøvetakning) kan påvirke sensitiviteten til analysen. Ettersom kirurgi øker mengde av cellefritt DNA og dermed virker negativt på sensitiviteten, anbefales at det går fire uker før prøve til ctDNA blir tatt (evt at prøve gjentas dersom utført innen fire uker etter kirurgi) (2). Ved graviditet er også cellefritt DNA høyere enn normalt. For prøvetaking ved intravenøs behandling; -se egne retningslinjer.

Ved bruk av spesialrør er det anbefalt å bruke butterfly med grønn kanyle (21G) for å unngå backflow.

Unngå hemolyse ved prøvetakning: Pasienten bør ikke pumpe hånden for tydeligere vener. Vær varsom med stasebruk.

Romtemperatur.

Avd. for medisinsk biokjemi, Radiumhospitalet

1-2 virkedager.

Fullautomatisert metode for kvalitativ deteksjon av ctDNA i plasma av 21 spesifikke mutasjoner som involverer KRAS-genet. DNA amplifiseres ved hjelp av spesifikke primere og avleses med real-time PCR i instrumentet. Gyldig resultat forutsetter at et konservert fragment i KRAS-genet amplifiseres og indikerer at tilstrekkelig mengde prøvemateriale er tilsatt.

Mutasjoner i ctDNA som metoden kan detektere: G12C; G12R; G12S; G12A; G12D; G12V; G13D; A59T/E/G; Q61K; Q61R/L; Q61H; K117N; A146P/T/V.

Ikke detekterbar: Indikerer at evt ctDNA-mutasjon er under metodens sensitivitet på ca 1-2% (varierer noe for de ulike mutasjonene).

Ettersom vi har begrenset erfaring med metoden, bør analyseresultat bekreftes med annen metode (f.eks molekylære vevsanalyser eller annen metode for ctDNA).

I plasma og andre væsker kan man finne fritt sirkulerende DNA, såkalt cellefritt DNA, fra celler. Andelen av cellefritt DNA som kommer fra tumorceller, blir kalt fritt sirkulerende tumor-DNA (ctDNA). Mengden ctDNA i plasma er avhengig av mange forhold, blant annet kreftform. Hjernesvulster skiller ut lite ctDNA til sirkulasjonen, mens derimot nevroendokrine svulster, brystkreft og svulster fra gastrointestinal traktus er blant kreftformene som skiller ut mest ctDNA (3,4). Tumorbyrden er også viktig, og ved metastatisk sykdom er ctDNA oftere påvisbart enn tidligere i sykdomsforløpet (1). Lokalisasjonen til metastasen har også betydning for mengde ctDNA som kan påvises i plasma, der levermetastaser oftere gir funn av ctDNA mens det ved lungemetastaser kan være vanskeligere å påvise (5). Halveringstiden til ctDNA er kort, fra minutter til et par timer ettersom det fjernes effektivt fra sirkulasjonen hovedsakelig via lever, til dels milt og nyrer (6).

Sensitiviteten til analysen vil være avhengig av biologiske forhold hos pasienten. Infeksjoner, kirurgi og toksisk behandling vil kunne øke cellefritt DNA fra normale celler og dermed ha negativ effekt på sensitiviteten til analysene som påviser ctDNA. Fordelen med plasma som prøvemateriale, er imidlertid at analysen lett kan gjentas på et senere tidspunkt.

Klonal hematopoiese med usikker betydning (CHIP) kan teoretisk gi falskt positivt resultat der genomisk DNA fra lyserte hvite blodceller inneholder mutasjonen som analysene detekterer. KRAS-mutasjoner kan forekomme ved CHIP, men ved kolorektalkreft er påvist KRAS-mutasjon overveiende sannsynlig fra tumor og ikke rutinemessig anbefalt kontrollert for CHIP (1).