Bakterie sekvensering

• Når dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram
• Når pasienten har stått på antibiotika før prøvetaking
• Når man antar at det er så få mikrober tilstede i prøven at de ikke vil vokse ved dyrkning
• Ved mistanke om spesielle mikrober som er vanskelig å dyrke

Prøver fra normalt sterile områder fra pasienter hvor en har mistanke om bakenforliggende infeksjon:

• biopsier fra bløtvev, bein, hjerne, hjerteklaffer og andre indre organer
• proteseinfeksjoner (f.eks hjerteklaff, avskrap ortopediske implantater)
• aspirat fra abscess / empyem
• sterile kroppsvæsker så som spinalvæske, pleuravæske, leddvæske, ascites
• positive blodkultur hvor det ikke tilkommer vekst tross funn ved mikroskopi vurderes og kan utføres etter avtale med mikrobiolog før innsendelse (tlf 22 11 88 28).

Analyseres ikke:

• prøver fra områder med normalflora slik som luftveisprøver (BAL/indusert sputum)
• urin
• parafininnstøpt formalinfikserte preparater
• prøver på buljong eller kullmedier
• mortede eller fryste prøver

Kun mulig via papirrekvisisjon, se Rekvisisjoner.

Angi på remisse dersom det er ønske om PCR ved manglende vekst.

• Sterile væsker: minst 200 µL
• Biopsier: synlig bit, helst 5x5x5 mm.

• Prøvene ønskes på sterile glass uten tilsetning.
• Biopsier kan tilsettes litt sterilt saltvann.
• I spesielle tilfeller hvor sterilt glass ikke er mulig, kan transportmedium sendes.

Rekvisisjon:

• Vennligst angi om det er ønskelig med spesifikke PCR-analyser i tillegg til 16S PCR.
• Relevante opplysninger inkludert evt tidligere funn i samme materiale hos pasienten, antibiotikabruk, klinisk mistanke om spesifikke agens.
• Vennligst angi direkte telefonnummer for formidling av prøvesvar.

Prøvehåndtering:

• Minst mulig håndtering av prøven forut for innsendelse er ønskelig (derfor ønsker vi ikke mortede eller fryste prøver).
• Ideelt ønskes ubehandlede/uberørte prøver som settes til side i påvente av dyrkning i parallellprøver.

Tidspunkt for innsendelse:
Avhenger av prøvens viktighet.

• Ved kroniske/langtrukne infeksjoner og prøver hvor en kan forvente vekst, foretrekker vi at prøven ikke sendes før det er gått tre dager uten at det er tilkommet vekst, f eks etter første reutsæd.
• For viktige prøver, f eks hjerneabscess og hjerteklaffer, kan prøven sendes samme dag som den mottas.
• Mikrobiolog på innsendende laboratorium bes prioritere mest relevante prøver, vanligvis to prøver pr. pasient.

Oppbevaring før forsendelse: kjøleskap.
Forsendelse: romtemperatur.

In-house, sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR). Dersom denne er positiv gjøres sekvensering av 16S rDNA-regionen i det bakterielle DNA-produktet. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.

Utviklingsseksjonen, OUS Ullevål.

Bakterielt DNA: Påvist eller Ikke påvist.

Påvist bakterielt DNA sekvenseres og artsnavn, eventuelt slektsnavn angis.

4-7 virkedager.

• Spesifikke DNA-undersøkelser er mer sensitive og bør prioriteres når de er tilgjengelige.
• Analysen er ressurs- og tidkrevende, sekvensering gjøres derfor ikke på prøver med dårlig klinisk indikasjon eller på uegnet prøvematerialet.

Analysen er ikke akkreditert.