Mikrobiologiske analyser som begynner på
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
Æ
Ø
Å

Bakterie sekvensering

02.08.2022Versjon 2.3Forfatter: Else Quist-Paulsen, Andreas Lind, Mona Holberg-PetersenGodkjent av: Andreas LindGodkjent dato: 2022-08-04

Indikasjon for prøvetaking 

  • Når dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram
  • Når pasienten har stått på antibiotika før prøvetaking
  • Når man antar at det er så få mikrober tilstede i prøven at de ikke vil vokse ved dyrkning
  • Ved mistanke om spesielle mikrober som er vanskelig å dyrke

Prøvemateriale 

Prøver fra normalt sterile områder fra pasienter hvor en har mistanke om bakenforliggende infeksjon:

  • biopsier fra bløtvev, bein, hjerne, hjerteklaffer og andre indre organer
  • proteseinfeksjoner (f.eks hjerteklaff, avskrap ortopediske implantater)
  • aspirat fra abscess / empyem
  • sterile kroppsvæsker så som spinalvæske, pleuravæske, leddvæske, ascites
  • positive blodkultur hvor det ikke tilkommer vekst tross funn ved mikroskopi vurderes og kan utføres etter avtale med mikrobiolog før innsendelse (tlf 22 11 88 28).

 

Analyseres ikke:

  • prøver fra områder med normalflora slik som luftveisprøver (BAL/indusert sputum)
  • urin
  • parafininnstøpt formalinfikserte preparater
  • prøver på buljong eller kullmedier
  • mortede eller fryste prøver

Rekvirering  

Kun mulig via papirrekvisisjon, se Rekvisjoner

Angi på remisse dersom det er ønske om PCR ved uteblivende vekst.

Volum / mengder 

  • Sterile væsker: minst 200 µL
  • Biopsier: synlig bit, helst 5x5x5 mm.

Prøvebehandling 

  • Prøvene ønskes på sterile glass uten tilsetning.
  • Biopsier kan tilsettes litt sterilt saltvann.
  • I spesielle tilfeller hvor sterilt glass ikke er mulig, kan transportmedium sendes.

Gjelder eksterne rekvirenter 

Rekvisisjon:

  • Vennligst angi om det er ønskelig med spesifikke PCR-analyser i tillegg til 16S PCR.
  • Relevante opplysninger inkludert evt tidligere funn i samme materiale hos pasienten, antibiotikabruk, klinisk mistanke om spesifikke agens.
  • Vennligst angi direkte telefonnummer for formidling av prøvesvar.

 

Prøvehåndtering:

  • Minst mulig håndtering av prøven forut for innsendelse er ønskelig (derfor ønsker vi ikke mortede eller fryste prøver).
  • Ideelt ønskes ubehandlede/uberørte prøver som settes til side i påvente av dyrkning i parallellprøver.

 

Tidspunkt for innsendelse:
Avhenger av prøvens viktighet.

  • Ved kroniske/langtrukne infeksjoner og prøver hvor en kan forvente vekst, foretrekker vi at prøven ikke sendes før det er gått tre dager uten at det er tilkommet vekst, f eks etter første reutsæd.
  • For viktige prøver, f eks hjerneabscess og hjerteklaffer, kan prøven sendes samme dag som den mottas.
  • Mikrobiolog på innsendende laboratorium bes prioritere mest relevante prøver, vanligvis to prøver pr. pasient.

 

Oppbevaring før forsendelse: kjøleskap.
Forsendelse: romtemperatur.

Undersøkelsesprinsipp 

In-house, sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR). Dersom denne er positiv gjøres sekvensering av 16S rDNA-regionen i det bakterielle DNA-produktet. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.

Utførende laboratorium 

Utviklingsseksjonen, OUS Ullevål.

Svar 

Bakterielt DNA: Påvist eller Ikke påvist.

Påvist bakterielt DNA sekvenseres og artsnavn, eventuelt slektsnavn angis.

Svartid 

4-7 virkedager.

Merknader 

  • Spesifikke DNA-undersøkelser er mer sensitive og bør prioriteres når de er tilgjengelige.
  • Analysen er ressurs- og tidkrevende, sekvensering gjøres derfor ikke på prøver med dårlig klinisk indikasjon eller på uegnet prøvematerialet.

Akkreditert 

Analysen er ikke akkreditert.