FHI har referansefunksjon for Salmonella. Påvisning av Salmonella i klinisk prøvemateriale er meldingspliktig til MSIS.

I tillegg til analyser på enkelt-isolater, bidrar referansefunksjonen til nasjonal epidemiologisk overvåking, utbruddsetterforskning, forebygging og bekjempelse av Salmonella mage-tarminfeksjoner.

For omtale av smittemåte, inkubasjonstid og sykdommer som bakterien forårsaker, se lenker lenger ned.

• Pasientrettet: Species og serovar bestemmelse for korrekt diagnose og smittevern for enkeltpasienmter
• Folkehelserettet: Utbruddsovervåkning og overvåkning av antibiotikaresistens.

Alle kliniske førstegangsisolater av Salmonella sendes som renkultur til FHI. Isolater som påvises ved eventuelt sykdomsresidiv mindre enn 3 måneder etter siste positive prøve skal ikke sendes inn med mindre det foreligger grunn til å mistenke reinfeksjon. Dersom Salmonella isoleres fra ulike prøvematerialer (for eksempel feces, blod eller urin), bør førstegangsisolatet fra «det klinisk mest alvorlige» materialet sendes inn.

• Renkultur av bakterieprøver

Alle prøver skal sendes inn sammen med utfylt rekvisisjonsskjema.

• Innsending av prøver til mikrobiologiske undersøkelser
• Praktisk veiledning: prøvemengde, medium, kjøling og pakking

• Alle innsendte Salmonella-isolater verifiseres spektrofotometrisk (MALDI-TOF MS) og undersøkes serologisk for tyfoide Salmonella. I tillegg benyttes en PCR for påvisning av d-tartrat (som skiller S. Paratyphi B fra S. Paratyphi B Java).
• I utbruddsituasjon benyttes evt. MLVA for å sannsynliggjøre tilhørighet til utbrudd.
• Helgenomsekvensering benyttes til å bestemme serovar, sekvenstype (ST) og klustertype (CT), det siste for påvisning av utbrudd.
• Antibiotikaresistens bestemmes i overvåkningsøyemed, og resultater publiseres i NORM-rapporten og rapporter fra ECDC og WHO (GLASS).

Agglutinering utføres mot utvalgte O- og H antisera fra SIFIN.

• Ha, Hb, Hd
• O2, O4, O9, Vi

Hvis agglutinering ikke kan utelukke S. Paratyphi B/ S. Paratyphi B variant Java, utføres d-tartrat PCR.

I utbruddssituasjon kan evt. MLVA benyttes for å sannsynliggjøre tilhørighet til utbrudd i påvente av NGS.

Helgenomsekvensering påviser sekvenstype (ST) ved multilokus sekvenstyping (MLST) [1] og clustertype (CT) ved kjernegenom MLST [2] i Ridom SeqSphere+.

Resistenstesting av Salmonella gjøres primært for rapportering til NORM:

1. fenotypisk AMR-testing med lappediffusjon i henhold til EUCAST protokoll for
   1. invasive isolater
   2. innenlandssmittede og smitte ikke angitt
   3. S. Typhimurium (inklusive monofasisk variant) uavhengig av smittested
   4. alle S. Typhi og S. Paratyphi A eller B uavhengig av prøvemateriale
2. Genotypiske resultater basert på bioinformatisk analyse med AMRFinderPlus.

Invasive isolater svares ut midlertidig om tyfoide serovarianeter kan utelukkes, det samme med non-invasive isolater hvor primærlaboratoriet eller ref.lab sin agglutinering ikke kan utelukke S. Typhi eller S. Paratyphi A eller B.

Endlige svar sendes når helgenomresultat foreligger. Prøven svares ut med serovar, sekvenstype (ST) og clustertype (CT).

• Telefonisk beskjed: gis ved agglutingeringsfunn som sannsynliggjør typfoid Salmonella, hvor innsendende laboratorium ikka har hatt mistanke om dette.
• Midlertidig svar: sendes vanligvis innen 2-3 arbeidsdager etter at prøven er mottatt. Forsinkelser kan forekomme.
• Endelig svar for invasive isolater og agglutineringsresultater som ikke kan utelukke S. Typhi eller S. Paratyphi A eller B sendes vanligvis ut ca 2 uker etter at prøven er mottatt, mens andre Salmonella svares endelig ut etter ca 3 uker etter mottak.

Salmonella-analysene er ikke akkreditert, men kvalitetskontrollert i henhold til ISO 17025 (Prøving- og kalibreringslaboratorier).

Alle Salmonella-isolater fryses og oppbevares i minst 10 år.

Faglig ansvarlig (overordnet metodeansvar)

• Mohammed Umaer Naseer
• Lin Cathrine T. Brandal
• Polina Katsiouleri (fenotypi)

Medisinsk-faglig ansvarlig (klinisk tolkning, forsvarlighet iht helselovgivningen)

• Polina Katsiouleri

• Smittevernveileder for helsepersonell:
  • salmonellose
  • tyfoidfeber
  • paratyfoidfeber
  • oppfølging og kontroll av personer som håndterer næringmidler
• Vaksineveileder for helsepersonell: tyfoidvaksine
• ECDC temaside om salmonellose.
• ECDC sitt Food-and Waterborne Network, hvor representanter fra referanselaboratoriet deltar.
• EU/EØS rapporter hvor norske data på Campylobacter inngår:
  • ECDC: ecdc.europa.eu/
  • EMA nettside for JIACRA (Joint-interagency antimicrobial consumption and resistance analysis) rapporter.