Soppsekvensering

Mistanke om patogene sopp. Dyrkning er primært analysevalg, dernest artsspesifikke PCR-analyser.

Sopp-DNA-sekvensering kan rekvireres hvis dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram.

Fortrinnsvis fra normalt sterilt område. Ikke blod eller inokulerte blodkulturflasker. Nedre luftveisprøver skal ikke sendes til soppsekvensering, men kan ved mistanke om muggsopp undersøkes for Aspergillus DNA.

Optimalt prøvevolum ved flytende materiale er 500 µl, men volum ned til 50 µl godtas for alle flytende prøvematerialer, vevsbiter bør være minimum 5x5x5mm.

Dersom rekvirenter utenfor OUS skal rekvirere soppsekvensering fra OUS skal prøven sendes til Avdeling for mikrobiologi, Rikshospitalet.

In-house, sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR), dersom denne er positiv gjøres sekvensering av ITS2- og D1D2-regionen i sopp DNA. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.

Kvalitativt (f.eks. Påvist/Ikke påvist)

Hvis påvist angis artsnavn, eventuelt slektsnavn.

4-7 virkedager.

Undersøkelsen er ressurs- og tidkrevende. Der spesifikke DNA-undersøkelser er tilgjengelige, bør disse utføres først. Disse undersøkelsene er mer sensitive enn soppsekvensering.

Laboratoriet avviser prøver som ikke synes klinisk indisert eller hvor prøvematerialet er uegnet for analysen.

Ikke akkreditert analyse.