SARS-CoV-2 variant screening (PCR)
Indikasjon
Screening for kritiske varianter utføres på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2.
Følgende kritiske varianter (Variants of Concern -VoC) blir undersøkt (WHO/Pangolin klassifikasjon):
- Omikron BA.2 / B.1.1.529.2
- Omikron "andre varianter" ("non-BA.2")
I tillegg utføres helgenomsekvensering for endelig typebestemmelse.
Rekvirering
Intern rekvirering.
Ved spesifikt ønske om variantanalyse*, vennligst ta telefonisk kontakt på 22 11 82 01 (mandag til fredag 08.00-15.30).
*kun for inneliggende pasienter der svaret har terapeutisk konsekvens
Undersøkelsesprinsipp
Kvalitativ in-house påvisning av SARS-CoV-2 RNA varianter med sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR).
Utførende laboratorium
Prosjektenhet for SARS-CoV-2 RNA påvisning (PCR), Ullevål.
Svar
Omikron påvist / Omikron BA.2 påvist / Inkonklusivt
Svartid
1-3 dager etter påvist resultat SARS-CoV-2 RNA.
Svar på ønsket analyse som meldes før kl 12 på hverdager, kommer vanligvis innen kl 16 samme dag.
Tolkning
| Svar | Tolkning |
| Variant påvist | Svaret indikerer sannsynlig funn av angitt variant.* |
| Ikke påvist | Omikron variant ikke funnet. Viruset tilhører en annen lineage** |
| Inkonklusivt | Analysen var ikke vellykket og det lar seg ikke avgjøre om variant foreligger heller ikke. Sannsynlig årsak er for lav virusmengde i prøven. |
*"Omikron påvist" inkluderer variantene BA.4 og BA.5, og kan i sjeldne tilfeller også inkludere BA.2.
**Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.
Akkreditert
Analysen er ikke akkreditert
