SARS-CoV-2 variant screening (PCR)

Screening for kritiske varianter utføres på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2.

Følgende kritiske varianter (Variants of Concern -VoC) blir undersøkt (WHO/Pangolin klassifikasjon):

• Omikron BA.2 / B.1.1.529.2
• Omikron "andre varianter" ("non-BA.2")

I tillegg utføres helgenomsekvensering for endelig typebestemmelse.

Intern rekvirering.

Ved spesifikt ønske om variantanalyse*, vennligst ta telefonisk kontakt på 22 11 82 01 (mandag til fredag 0800-1600) eller 22 11 88 45 (helg/helligdag).

*kun for inneliggende pasienter der svaret har terapeutisk konsekvens

Kvalitativ in-house påvisning av SARS-CoV-2 RNA varianter med sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR).

Prosjektenhet for SARS-CoV-2 RNA påvisning (PCR), Ullevål.

SARS-CoV-2 variant Påvist/Ikke påvist/Inkonklusivt

1-3 dager etter påvist resultat SARS-CoV-2 RNA.

Svar på ønsket analyse som meldes før kl 12 på hverdager, kommer vanligvis innen kl 16 samme dag.

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.

Analysen er ikke akkreditert

• Vogels et al, Multiplexed RT-qPCR to screen for SARS-COV-2 B.1.1.7, B.1.351, and P.1 variants of concern
• Pango lineages, variants of concern report
• Nextstrain: analysis and visualization of pathogen sequence data
• WHO - Tracking SARS-CoV-2 variants
• FHI Ukerapporter