• Akutt pharyngitt opptrer ofte ved øvre luftveisinfeksjoner forårsaket av luftveisvirus.
  Bakteriell halsinfeksjon skyldes oftest Streptokokker gruppe A (Str. pyogenes) i form av akutt tonsillitt. Sjeldnere opptrer betahemolytiske streptokokker gruppe C eller G eller Arcanobacterium haemoyticum. Fusobacterium necrophorum kan forårsake tonsillitt. Både S. pyogenes og F. necrophorum kan forårsake peritonsillær abscess.
  F. necrophorum er også årsak til den sjeldne, men alvorlige Lemierre syndrom (suppurativ jugular tromboflebitt).
  Gonokokker (Neisseria gonorrhoeae) kan gi pharyngitt. Meningokokker (Neisseria meningitidis) kan gi kolonisering i hals, men gir sjelden symptomatisk infeksjon.
• Orofaryngeal tularemi (Francisella tularensis) er sjelden, og kan skyldes inntak av kontaminert vann eller kjøtt.
• Difteri, forårsaket av Corynebacterium diphteriae, gir pharyngotonsillitt. Opptrer svært sjelden i Norge og da som importsmitte.
• Syfilis (Treponema pallidum) kan gi oral sjanker i det primære stadium.

Epstein-Barr virus (EBV) gir mononukleose ("Kyssesyke") med tonsilitt/pharyngitt. Cytomegalovirus (CMV) kan gi et liknende bilde. Primærinfeksjon med Herpes simplex virus (HSV) gir pharyngitt og typisk gingivostomatitt hos små barn. Pharyngitt kan opptre ved HIV primærinfeksjon.

Candida sp. kan gi soppstomatitt, typisk hos små barn, eldre og personer med T-celledefekter (inkl HIV infeksjon).

Mistanke om tonsillitt, pharyngitt eller stomatitt.

Halsinfeksjon som ledd i viral, øvre luftveisinfeksjon: Nasofarynksprøve til påvisning av viralt DNA/RNA. Se øvre luftveisinfeksjoner.

Mistanke om bakteriell halsinfeksjon eller soppstomatitt: Halsprøve til dyrkning.

Mistanke om HSV primærinfeksjon: Halsprøve til PCR-undersøkelse.

Mistanke om syfilittisk oral sjanker: Halsprøve til PCR-undersøkelse.

Mistanke om EBV, CMV, HIV, HSV eller syfilis: Blodprøve til serologi (Serum eller EDTA-plasma).

Halsinfeksjon som ledd i viral, øvre luftveisinfeksjon: Nasofarynksprøve til påvisning av viralt DNA/RNA.

Ved spørsmål om bakteriell tonsillitt utføres Beta-hemolytiske streptokokker dyrkning. Etter spesiell rekvisisjon, eller der kliniske opplysninger tilsier det, er det aktuelt å gjøre en generell bakteriologisk dyrkning med tanke på andre bakterier og sopp (mistanke om soppstomatitt) i tillegg.
Ved mistanke om peritonsillær abscess utføres både aerob og anaerob dyrkning.

Gonokokker påvises primært ved PCR, se Neisseria gonorrhoeae DNA. Dyrkning av gonokokker fra hals er krevende, se Neisseria gonorrhoeae (gonokokk) dyrkning

Ved mistanke om tularemi utføres spesialdyrkning, se Francisella tularensis dyrkning. Prøve kan også sendes St. Olavs hostpial for francisella tularensis PCR.

Ved mistanke om difteri utføres spesialdyrkning, se Corynebacterium diphtheriae dyrkning

Om oral sjanker ved syfilis mistenkes, utføres serologi og PCR som angitt i avsnitt om Treponema pallidum (Syfilis)

Mononukleose påvises primært ved tilstedeværelse av heterofile antistoffer i blod, se Mononukleose Heterofile antistoffer eller EBV serologi (VCA IgM, VCA IgG og EBNA). Se Epstein-Barr virus (EBV). CMV-infeksjon kan påvises ved CMV-serologi (IgG og IgM), se Cytomegalovirus (CMV) .HIV påvises ved serologi, se HIV-1 antigen/antistoff+HIV-2 antistoff. Herpes simplex 1 kan påvises ved PCR (Herpes simplex virus 1,2 DNA). Serologi (Herpes simplex virus IgG og Herpes simplex virus IgM) kan være til hjelp ved mistanke om primærinfeksjon.