Diagnosen nasofarynkskreft baserer seg på symptomer, kliniske funn (tumor nasofarynks/colli, sekretorisk otitt), positiv biopsi fra primærtumor og ultralydveiledet FNA fra ev. regionale metastaser. Biopsimaterialet bør undersøkes mtp. EBV, og i fall positiv, kan serologi for EBV DNA (pEBV DNA) ev. brukes til å følge sykdomsforløpet (Wang et al., 2013).

CT/MR hode/hals og CT toraks er obligat for kreft i hode/hals-regionen. MR er den viktigste bildedannende modalitet mtp. sykdomsutbredelse i skallebasisnivå, samt affeksjon av retrofaryngeale lymfeknuter og bør gjøres på alle med nasofarynkskreft. Nasofarynkskreft er den kreftform i hode/hals-regionen som oftest gir fjernmetastaser. PET/CT bør derfor inngå ved avanserte stadier.