Bivirkningene er kraftigere etter høydosebehandling enn standard kjemoterapi, men disse er forbigående. Pasienten må som oftest innlegges under høydosebehandlingen, stamcelleoverføringen og de første en til to ukene etter. Forbigående håravfall, kvalme og diare er vanlig. Infeksjoner som krever behandling med antibiotika er vanlig de første to til tre ukene etter høydosebehandling. Transfusjoner er vanligvis nødvendige.

Vanlige bivirkninger er beinmargspåvirkning med lave leukocytter og infeksjonstendens, anemi, trombocytopeni og polynevropati.