De vanligste symptomer er blødning, kløe eller smerter. Pasienten har selv ofte oppdaget noe uvanlig i selve analkanalen eller i hudområdet rundt: en kul, en knast, et fast parti, noe som fyller opp, kommer ut, eller et sår som ikke forsvinner. Siving og inkontinens kan være symptomer på analcancer. Noen pasienter oppdager kuler i lyskene.

Mange av disse symptomene er generelle for benigne lidelser i analområdet. Det er vesentlig å vurdere om det foreligger en malignitetsmistanke før man konkluderer med benigne til­stander. Proktologiske tilstander som hemorroider og fissurer samt fistel/abscess må anses å være eksklusjonsdiagnoser etter at malign tilstand er utelukket. Rektal eksplorasjon er obligatorisk ved utredning av symptomer i og rundt analkanalen.

Overraskende kan diagnosen analcancer (eller AIN) rapporteres etter innsendelse av vevs­materiale for lesjoner som ser benigne ut, for eksempel marisker, sårkanter fra fissurer, fibroepiteliale polypper eller andre forandringer.

Anamnestiske opplysninger som skal øke årvåkenheten for mulig analcancer, er:

• Tidligere påvist HPV-infeksjon, kondylomer eller HPV-relaterte neoplasier (cervix, munnhule/svelg)
• HIV-infeksjon
• Menn som har sex med menn
• Immunsuppresjon ved organtransplantasjon eller annen årsak