Det er viktig å skille mellom myeloid og lymfatisk blastfase, ved vanlig mikroskopi supplert med immunfenotyping. Myeloid blastfase er hyppigere enn lymfoid (ca. 70% vs. 30%). All annen behandling enn transplantasjon vil ikke være kurativ. Ved lymfoid blastkrise kan hos pasienter som ikke er kandidat for transplantasjon oppnå lengre tidsoverlevelse man ved å kombinere TKI med induksjons og vedlikeholdsbehandling for ALL. Det er lovende data med ponatinib, blinatumumab og hyper-CVAD, med påfølgende vedlikeholdsbehandling som steroider, vinkristin, metotrexat, merkaptopurin eller asparaginase (f.eks POMP eller OPAL som er beskrevet i ALL-programmet i palliativ/ transplantasjonsforberedende hensikt) (Jabbour et al., 2015; Sasaki et al., 2016). Allo-SCT forutsetter at ny kronisk fase kan oppnås, donor finnes og at det ikke foreligger absolutte kontraindikasjoner. Transplantasjon i pågående blastkrise inngår ikke i transplantasjonsprogrammet fordi resultatene er meget dårlige.
Etter allogen stamcelletransplantasjon for KML anbefales TKI fra 3 til 4 måneder post transplantasjon og i 1 til 2 år etter transplantasjonen. Behandling med TKI etter allogen stamcelletransplantasjon er assosiert med uttalte benmargstoksisitet, og dosen må ofte reduseres