Så langt har prognostisering av hode/hals-kreft vært basert på tumorstørrelse og lokalisasjon og tilstedeværelse av lymfeknutemetastaser. I nær fremtid kan genekspresjonsanalyser tenkes å få prognostisk så vel som terapeutisk betydning. Utvikling av «microarray» teknologi har muliggjort klassifisering av hode/hals-kreft i undergrupper basert på genekspresjon.

Chung og medarbeidere har ved hjelp av microarray teknikk identifisert 4 undergrupper av PEC i hode/hals-regionen – «basal, atypical, mesenchymal type and classic subtype» (Chung et al., 2004). Dette er verifisert av andre, og er i overensstemmelse med signaturer utviklet for PEC i lunge. Rapporter indikerer at disse ekspresjons-baserte subgruppene predikerer residivfri overlevelse. For hode/hals-kreft gjenstår dette å bli verifisert. For andre kreftformer, som for eksempel brystkreft og glioblastom, har ekspresjonsbasert subklassifisering vært veiledende for translasjonsforskning og utvikling av nye behandlingsprinsipper. Et tilsvarende potensiale antas å foreligge for hode/hals-kreft.

Et eksempel er en hypoksisk gen-profil utviklet av Toustrup og medarbeidere i Danmark (Toustrup et al., 2012). Gen-profilen ble retrospektivt brukt til å analysere data fra DAHANCA 5, en randomisert studie av strålebehandling ± nimorazole (en hypoxic cell sensitizer). Man fant at nytten av nimorazol på lokoregional kontroll og sykdomsfri overlevelse var begrenset til pasienter med den mest hypoksiske genprofil. Profilen kan være prediktiv og til hjelp i seleksjon av pasienter i fremtidige studier med «hypoxic cell sensitizers». DAHANCA 30 (DAHANCA, 2018b) undersøker nytten av Nimorasol basert på bruk av hypoximarkør. Denne studien pågår.

Nytten av Nimorasol har blitt undersøkt i 3 andre internasjonale studier, EORTC 1219/DAHANCA 29, NIMRAD og (DAHANCA, 2018b), men studiene ble lukket pga dårlig rekrutering. Ellers benyttes analyser på proteinnivå i stor grad innenfor diagnostisk patologi. Et eksempel er plateepitelkarsinomene i oropharynx som rutinemessig undersøkes med immunhistokjemisk farging for p16, et protein som uttrykkes når DNA fra høyrisiko-typer av HPV er transkriptivt aktivt i tumorcellene. Ved tobakksrelaterte plateepitelkarsinomer er onkogenesen en annen, og disse svulstene uttrykker vanligvis ikke p16. Økte muligheter for kartlegging av genetiske avvik i svulster har gjort at vi de senere årene har fått mer presis diagnostikk innenfor den mangfoldige gruppen av spyttkjertelsvulster.

Nye tumorentiteter har kommet til på grunn av at man har avdekket definerende mutasjoner. Et eksempel er sekretorisk karsinom, som tidligere gjerne ble definert som acinærcellekarsinom. Sekretorisk karsinom har et større potensiale for å metastasere til lymfeknuter sammenlignet med acinærcellekarsinom. Et mer vanlig spyttkjertelkarsinom er mucoepidermoid karsinom. Denne diagnosen kan være enkel å stille ved morfologisk undersøkelse alene, men kan i tvilstilfeller bli bekreftet ved påvisning av MAML2-mutasjon enten ved FISH eller gensekvensering.