SARS-CoV-2 variant helgenomsekvensering

Helgenomsekvensering utføres kun på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2 RNA og i tilfeller der rekvirent spesielt ber om det (se rutiner for rekvirering under).

Følgende kritiske varianter (Variants of Concern -VoC) blir undersøkt (WHO/Pangolin klassifikasjon):

• Alfa/B.1.1.7
• Beta/B1.351
• Gamma/P1
• Delta/B1.617.2
• Omikron/B.1.1.529

• Andre kritiske varianter under spesiell observasjon (varierer over tid), se FHI Ukerapporter

Prøve der SARS-CoV-2 er påvist.

Ved ønske om sekvensering av prøve med påvist SARS-CoV-2, ring viruslege (8-16 på hverdager): 90 15 77 30 eller evt Seksjon for utvikling: 22 11 88 47.

Helgenomsekvensering (Swift-protokoll) med påfølgende tolkning ved hjelp av oppdaterte sekvensbibliotek

Avdeling for medisinsk genetikk (teknisk utførelse og tolkning)

Avdeling for medisinsk mikrobiologi (ekstraksjon, tolkning og utsvaring av prøver)

Utført/Inkonklusivt/Ikke utført.

Aktuelle variant angis når påvist.

5-7 dager etter påvist SARS-CoV-2 RNA.

Helgenomsekvensering er avhengig av at det er nok virus i prøven og at disse lar seg sekvensere.

Følgende svar kan bli gitt ut:

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.

• Pango lineages, variants of concern report
• Nextstrain: analysis and visualization of pathogen sequence data
• WHO - Tracking SARS-CoV-2 variants
• FHI Ukerapporter
• FHI: SARS-COV-2, veileder for mikrobiologiske laboratorier