Mikrobiologiske analyser som begynner på
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
Æ
Ø
Å

SARS-CoV-2 variant helgenomsekvensering

01.07.2022Versjon 2.3Forfatter: Andreas Lind, Regine BarlinnGodkjent av: Andreas LindGodkjent dato: 2022-04-20

Indikasjon 

Helgenomsekvensering utføres kun på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2 RNA og i tilfeller der rekvirent spesielt ber om det (se rutiner for rekvirering under).

 

Følgende kritiske varianter (Variants of Concern -VoC) blir undersøkt (WHO/Pangolin klassifikasjon):

  • Alfa/B.1.1.7
  • Beta/B1.351
  • Gamma/P1
  • Delta/B1.617.2
  • Omikron/B.1.1.529
  • Andre kritiske varianter under spesiell observasjon (varierer over tid), se FHI Ukerapporter

Prøvemateriale 

Prøve der SARS-CoV-2 er påvist.

Rekvirering  

Ved ønske om sekvensering av prøve med påvist SARS-CoV-2, ring viruslege (8-16 på hverdager): 90 15 77 30 eller evt Seksjon for utvikling: 22 11 88 47.

Undersøkelsesprinsipp 

Helgenomsekvensering (Swift-protokoll) med påfølgende tolkning ved hjelp av oppdaterte sekvensbibliotek

Utførende laboratorium 

Avdeling for medisinsk genetikk (teknisk utførelse og tolkning)

Avdeling for medisinsk mikrobiologi (ekstraksjon, tolkning og utsvaring av prøver)

Svar 

Utført/Inkonklusivt/Ikke utført.

Aktuelle variant angis når påvist.

Svartid 

5-7 dager etter påvist SARS-CoV-2 RNA.

Tolkning 

Helgenomsekvensering er avhengig av at det er nok virus i prøven og at disse lar seg sekvensere.

Følgende svar kan bli gitt ut:

Svar Tolkning
Utført Analysen var vellykket. SARS.-CoV-2 isolatet tilhører lineage* som angitt
Inkonklusivt Analysen mislykket grunnet for lite virus i prøven. Bestemmelse av lineage* derfor ikke mulig
Ikke utført Analysen ikke utført grunnet for lite virus i prøven eller manglende prøvemateriale.

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.