Mikrobiologiske analyser som begynner på ...
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
Æ
Ø
Å
Soppsekvensering
Dette emnet er hentet fra Mikrobiologi (NFMM)
Sendeprøve: Prøven videresendes fra Sykehuset Innlandet til eksternt laboratorium.
04.03.2024•Versjon 0.4Indikasjon for prøvetaking
- Mistanke om patogene sopp. Dyrkning er primært analysevalg, dernest artsspesifikke PCR-analyser.
- Sopp-DNA-sekvensering kan rekvireres hvis dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram.
Prøvemateriale
Fortrinnsvis fra normalt sterilt område. Ikke blod eller inokulerte blodkulturflasker. Nedre luftveisprøver skal ikke sendes til soppsekvensering, men kan ved mistanke om muggsopp undersøkes for Aspergillus DNA.
Oppbevaring og forsendelse
Dersom rekvirenter utenfor OUS skal rekvirere soppsekvensering fra OUS skal prøven sendes til Avdeling for mikrobiologi, Rikshospitalet.
Undersøkelsesprinsipp
In-house, sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR), dersom denne er positiv gjøres sekvensering av ITS2- og D1D2-regionen i sopp DNA. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.
Utførende laboratorium
Prøven videresendes til Oslo universitetssykehus, Ullevål.
Svar
- Kvalitativt (f.eks. Påvist/Ikke påvist).
- Hvis påvist angis artsnavn, eventuelt slektsnavn.
Svartid
4-7 virkedager.
Merknader
- Undersøkelsen er ressurs- og tidkrevende. Der spesifikke DNA-undersøkelser er tilgjengelige, bør disse utføres først. Disse undersøkelsene er mer sensitive enn soppsekvensering.
- Laboratoriet avviser prøver som ikke synes klinisk indisert eller hvor prøvematerialet er uegnet for analysen.
