AGENS a-å
- Bacillus anthracis
- Bordetella pertussis (kikhoste)
- Brucella
- Burkholderia
- Campylobacter
- Tetanus (Clostridium tetani)
- Clostridium botulinum
- Corynebacterium diphtheriae (difteri)
- Coxiella burnetii (Q-feber)
- Krim-Kongo hemoragisk feber virus (CCHFV)
- Ebolavirus og Marburgvirus (filovirus)
- Enteroaggregativ E. coli (EAEC)
- Enterohemoragisk E. coli (EHEC)
- Enteroinvasive E. coli (EIEC)
- Enteropatogene E. coli (EPEC)
- Enterotoksigen E. coli (ETEC)
- Francisella tularensis
- Haemophilus influenzae
- Hepatitt E virus
- Influensavirus
- Lassavirus
- Leptospira
- Listeria monocytogenes
- Meslinger (MeV)
- (kapittel) Mykobakterier/Tuberkulosebakterier
- Neisseria gonorrhoeae (gonokokker)
- Neisseria meningitidis (meningokokker)
- Parotitt-virus (kusma)
- Rotavirus
- Polio (enterovirus)
- RS-virus (respiratorisk syncytialt virus / humant orthopneumovirus)
- Rubellavirus (røde hunder)
- Salmonella
- SARS-coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
- Shigella
- Streptococcus pneumoniae (pneumokokker)
- Streptococcus pyogenes (GAS)
- Vibrio (kolera, vibriose)
- Yersinia enterocolitica
- Yersinia pestis
- Zoonotisk influensavirus
- Flere agens vil komme....
Streptococcus pyogenes (GAS)
Innledning
FHI har referansefunksjon for Streptococcus pyogenes, som utgjør hovedandelen av Lancefield gruppe A streptokokker (GAS).
FHI bidrar til nasjonal overvåking av resistens og forekomst av invasiv infeksjon forårsaket av GAS .
Indikasjon
- PASIENTRETTET: -
- FOLKEHELSERETTET: Følge trender i emm-typer særlig med tanke på vaksiner som er under utvikling og testing. Overvåkning av antibiotikaresistens.
Innsendingsplikt
Alle GAS-isolater fra systemisk infeksjon slik definert i meldingskriterier for sykdommer i MSIS skal sendes inn.
Prøvemateriale
Rekvisisjon, forpakning og forsendelse
Alle prøver skal sendes inn sammen med utfylt rekvisisjonsskjema.
Analyser
Alle innsendte GAS-solater blir undersøkt for antibiotikaresistens som rapporteres til NORM og rekvirent.
I tillegg blir isolatene helgenomsekvensert for å se på relevante molekylære markører.
For prøver tatt mellom 1. mai 2023 - 01.06.24 ble det som hovedregel ikke utført helgenomsekvensering av systemiske GAS-isolater. Første kvartal av 2024 ble det sekvensert isolater fra pasienter under 10år.
Undersøkelsesprinsipp
Resistenstesting: MIC-bestemmelse med gradientstrips, i henhold til EUCAST.
Helgenomsekvensering av GAS:
- spescies-verifisering (Kraken)
- emm-typing (CDC emm sekvensdatabase)
- MLST (PubMLST)
Svar
Alle isolater svares ut skriftlig med resistensresultater og følsomhetstolkning.
Hvis det er utført helgenomsekvensering, vil også emm-type og MLST sekvenstype svares ut.
Svartid
Svartid for isolater som sekvenseres: 3-4 uker
Svartid for isolater som ikke sekvenseres: 1-2 uker
Nasjonal stammebank
Alle isolater fryses, og oppbevares i minst 10 år.
Akkreditert
Helgenomsekvensering av GAS er akkreditert, i henhold til ISO-standard 17025.
Fagansvarlige
Faglig ansvarlig (overordnet metodeteknisk ansvar):
- Ragnhild Roness (fenotypi inkludert resistenstesting)
- Nadia Debech (helgenomsekvensering)
Medisinsk-faglig ansvarlig (klinisk relevans, medisinsk forsvarlighet):
