Screening for kritiske varianter utføres automatisk på alle luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2.

Følgende kritiske varianter blir undersøkt (Nextstain/Pangolin klassifikasjon):

• 501Y.V1/B.1.1.7, også kjent som "UK variant"
• 501Y.V2/B1.351, også kjent som "Sør-Afrika variant"
• 501Y.V3 /P1, også kjent som "Brasil variant"

I tillegg utføres helgenomsekvensering for endelig typebestemmelse kun på et utvalg i ledd i nasjonal overvåkning. Svar på sekvensering gis ikke ut enkeltvis, med mindre dette er spesielt avtalt.

Intern rekvirering

Kvalitativ in-house påvisning av SARS-CoV-2 RNA varianter med sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR).

SARS-CoV-2 variant Påvist/Ikke påvist

1-3 dager etter påvist resultat  SARS-CoV-2 RNA

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.

Analysen er ikke akkreditert

• Vogels et al, Multiplexed RT-qPCR to screen for SARS-COV-2 B.1.1.7, B.1.351, and P.1 variants of concern
• Pango lineages, variants of concern report
• Nextstrain: analysis and visualization of pathogen sequence data
• FHI Ukerapporter