• Akutt pharyngitt opptrer ofte ved øvre luftveisinfeksjoner forårsaket av luftveisvirus.
  Bakteriell halsinfeksjon skyldes oftest Streptokokker gruppe A (Str. pyogenes)i form av akutt tonsillitt. Sjeldnere opptrer betahemolytiske streptokokker gruppe C eller G eller Arcanobacterium haemoyticum. Fusobacterium necrophorum kan forårsake tonsillitt. Både S. pyogenes og F. necrophorum kan forårsake peritonsillær abscess.
  F. necrophorum er også vanligste årsak til den sjeldne, men alvorlige Lemierre syndrom (suppurativ jugular tromboflebitt).
  Gonokokker (Neisseria gonorrhoeae) kan gi pharyngitt. Meningokokker (Neisseria meningitidis) kan gi kolonisering i hals, men gir sjelden symptomatisk infeksjon.
• Orofaryngeal tularemi (Francisella tularensis) er sjelden, og kan skyldes inntak av kontaminert vann eller kjøtt.
• Difteri, forårsaket av Corynebacterium diphteriae, gir pharyngotonsillitt. Opptrer svært sjelden i Norge og da som importsmitte.
• Syfilis (Treponema pallidum) kan gi oral sjanker i det primære stadium.

Epstein-Barr virus (EBV) gir mononukleose ("Kyssesyke") med tonsilitt/pharyngitt. Cytomegalovirus (CMV) kan gi et liknende bilde. Primærinfeksjon med Herpes simplex virus (HSV) gir pharyngitt og typisk gingivostomatitt hos små barn. Pharyngitt kan opptre ved HIV primærinfeksjon.

Candida sp. kan gi soppstomatitt, typisk hos små barn, eldre og personer med T-celledefekter (inkl HIV infeksjon).

Mistanke om tonsillitt, pharyngitt eller stomatitt.

• Halsinfeksjon som ledd i viral, øvre luftveisinfeksjon: Nasofarynksprøve til påvisning av viralt DNA/RNA. Se øvre luftveisinfeksjoner.
• Mistanke om bakteriell halsinfeksjon eller soppstomatitt: Halsprøve til dyrkning.
• Mistanke om HSV primærinfeksjon: Halsprøvetil PCR-undersøkelse.
• Mistanke om syfilittisk oral sjanker:Halsprøve til PCR-undersøkelse.
• Mistanke om EBV, CMV, HIV, HSV eller syfilis: Blodprøve til serologi (Serum eller EDTA-plasma).