Ved rekvirering av KIT/PDGFRA vil analysen utføres med Sanger sekvensering. KIT/PDGFRA kan også inngå i en analysepakke på HTS (GIST).

Formalinfiksert, parafininnstøpt (FFPE) vev.

Forventet svartid er innen 15 virkedager.

Målområdene ekson 9 og 11 i NM_000222.3 (KIT) og ekson 12 og 18 i NM_006206.6 (PDGFRA) blir først amplifisert med PCR og deretter sjekket for lengdevarianter ved fragmentanalyse på Qiaexel. Avvik i baseparstørrelse fra villtype rapporteres og analyseres videre med Sanger sekvensering.

Varianter beskrives med nomenklatur i henhold til Human Genome Variation Society (HGVS).

Varianter detekteres visuelt ved å sammenligne baserekkefølgen til prøven mot referansesekvensen til det spesifikke genet ved hjelp av analyseprogrammene Mutation Surveyor og Sequencing Analysis.

Ved fragmentanalyse kan varianter detekteres ned til ca. 10 % mutant i villtype genomisk DNA.

Ved Sanger sekvensering kan varianter detekteres ned til ca. 20% allelfrekvens i villtype genomisk DNA.