Helgenomsekvensering utføres kun på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2 RNA og i tilfeller der rekvirent spesielt ber om det (se rutiner for rekvirering under).

Følgende kritiske varianter blir spesielt undersøkt (Nextstrain/Pangolin klassifikasjon):

• 501Y.V1/B.1.1.7, også kjent som "UK variant"
• 501Y.V2/B1.351, også kjent som "Sør-Afrika variant"
• 501Y.V3 /P1, også kjent som "Brasil variant"
• Andre kritiske varianter under spesiell observasjon, se FHI Ukerapporter

Helgenomsekvensering (Swift-protokoll) med påfølgende tolkning ved hjelp av oppdaterte sekvensbibliotek

Utført/Inkonklusivt/Ikke utført

5-7 dager etter påvist SARS-CoV-2 RNA.

Helgenomsekvensering er avhengig av at det er nok virus i prøven og at disse lar seg sekvensere. 

Følgende svar kan bli gitt ut:

*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.

• Pango lineages, variants of concern report
• Nextstrain: analysis and visualization of pathogen sequence data
• FHI Ukerapporter