Sekvensering av bakterielt 16s rRNA direkte fra prøvematerialet

• Når dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram
• Når pasienten har stått på antibiotika før prøvetaking
• Når man antar at det er så få mikrober tilstede i prøven at de ikke vil vokse ved dyrkning
• Ved mistanke om spesielle mikrober som er vanskelig å dyrke

Aktuelle prøvematerialer: biopsi og abscesser fra vev, bein; sterile kroppsvæsker som pleuravæske, spinalvæske og lignende: Positive blodkulturer (unntaksvis).

Uegnede prøvematerialer: prøver i direkte kontakt med tarmen, veldig små biopsier og veldig fortynnede kroppsvæsker, prøver med forventet normalflora (biopsier fra slimhinner og hud), blod (med unntak av positive blodkulturer).

Analysen krever cirka fingernegl størrelse av fast materiale eller minst 400µl flytende materiale.

Materialet sendes i et sterilt glass.

Prøver må ankomme laboratoriet så raskt som mulig etter prøvetaking, helst i løpet av 2 døgn for å unngå tap av mikrobielt DNA.

Prøver må ikke fryses, men oppbevares i kjøleskap før forsendelse.

Kan transporteres i romtemperatur.

Sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR). Dersom denne er positiv, gjøres sekvensering av 16S rDNA-regionen i det bakterielle DNA-produktet. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.

Ahus

Sekvensert bakterielt DNA: Taksonomi (mikrobenavn, subtype osv)

Svartid er vanligvis fra 1-4 dager fra analysestart. Analysen utføres en gang i uken.

Negative prøver kan ofte svares ut etter 1-2 dager; positive prøver kan ta opp til 4 dager.

Resultater fra 16S sekvensering er vurdert av leger fra mikrobiologen.

Prøvene til direkte sekvensering leveres felles prøvemottak og blir vurdert av Avdeling for mikrobiologi og smittevern før de er videresendt til genteknologi seksjonen.

• Spesifikke DNA undersøkelser er mer sensitive og bør prioriteres når de er tilgjengelige. Analysen er lite sensitivt, negativt prøvesvar utelukker ikke bakterier i prøven.
• Analysen er ressurs- og tidkrevende, sekvensering gjøres derfor ikke på prøver med dårlig klinisk indikasjon eller hvor prøvematerialet er uegnet for analysen.
• Analysen er mindre egnet der det foreligger en blanding av flere bakterier i prøvematerialet.