Sopp DNA og -identifikasjon (sekvensering)

• Mistanke om alvorlig soppinfeksjon hvor soppDNA ikke påvises med artsspesifikke PCR-analyser.
• Sopp-DNA-sekvensering er særlig indisert ved funn av sopp ved mikroskopi hvis dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram.

Fortrinnsvis i materiale fra normalt sterilt område som pleuravæske og andre sterile væsker, spinalvæske, vev, biopsi og abscessmateriale.

Optimalt prøvevolum ved flytende materiale er 500 µl, men volum ned til 50 µl godtas for alle flytende prøvematerialer, vevsbiter bør være minimum 5x5x5mm.

Benmargsaspirat  (EDTA rør).

Analysen utføres IKKE i luftveisprøver eller andre prøver hvor sopp inngår i normalflora, blod eller inokulerte blodkulturflasker.

Nedre luftveisprøver kan ved mistanke om muggsoppinfeksjon undersøkes for Aspergillus DNA og Mucorales DNA

Avhengig av problemstilling og prøvemateriale bør også Candida DNA undersøkes før soppsekvensering utføres.

Elektronisk rekvirering anbefales.

Rekvirenter uten slik tilgang, se Rekvisisjoner.

Dersom rekvirenter utenfor OUS skal rekvirere soppsekvensering hos oss må prøven sendes til Avdeling for mikrobiologi, Enhet for bakteriologi på Rikshospitalet. Se Kontaktinformasjon.

In-house, sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR) for påvisning av panfungalt sopp DNA (ITS2- og D1D2).

Dersom denne er positiv gjøres sopp DNA identifikasjon med sekvensering av ITS2- og D1D2-regionen i sopp DNA. 

Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.

Enhet for bakteriologi, OUS Rikshospitalet i samarbeid med utviklingsseksjonen, OUS RH/Ullevål og Referanselaboratoriet for medisinske soppsykdommer.

Sopp DNA: Ikke påvist.

Dersom målgenene ITS eller D1D2 påvises genereres analysen US-sopp DNA identifikasjon (sekvensering): 

Identifisert sopp angis eventuelt med artsnavn, eventuelt bare slektsnavn

Det er ikke uvanlig at man ved sekvensering ikke påviser patogen sopp eller at sekvensen har for dårlig kvalitet til å identifisere sopp. US-sopp DNA identifikasjon (sekvensering): besvares da med "utført" og en aktuell kommentar.

4-7 virkedager.

Undersøkelsen er ressurs- og tidkrevende. Der spesifikke DNA-undersøkelser er tilgjengelige, bør disse utføres først. Disse undersøkelsene er mer sensitive enn soppsekvensering.

Laboratoriet avviser prøver som ikke synes klinisk indisert eller hvor prøvematerialet er uegnet for analysen.

Ikke akkreditert analyse.