Biokjemiske analyser som begynner på ...
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
Æ
Ø
Å
1
2
5

Analyser

DNA-F2 protrombin (c.*97G >A)

Dette emnet er hentet fra Medisinsk biokjemi (OUS)
  Sendeprøve: Avdeling for medisinsk biokjemi, Rikshospitalet, OUS
10.01.2023Versjon 1.2

Indikasjoner 

  • Arvelig trombofili.
  • Diagnostikk/utredning av trombotiske hendelser eller bærertesting blant individer med nære familiemedlemmer med trombotiske hendelser og/eller som selv har andre risikofaktorer for trombose.

Prøvetakingsrutiner 

Pasientforberedelse

Ingen

 

Prøvetaking

 

Holdbarhet

  • Oppbevaring: Prøven er holdbar flere døgn i romtemperatur, men oppbevaring i kjøleskap anbefales. Ved lengre tids lagring ( >1 mnd) bør prøven fryses.
  • Forsendelse: Ordinær post, kan sendes ved romtemperatur.

Referanseområde 

Ikke relevant.

Utføres 

Avdeling for medisinsk biokjemi, Rikshospitalet.

Forventet svartid 

Vanligvis innen 2 uker, ta kontakt dersom det haster mer.

Biologisk variasjon 

Forekomst av F2 g.20210G >A) genvariant er rapportert å være (allelfrekvens):

  • Ca. 1 – 2 % blant kaukasiere (høyere frekvens i Sør-Europa) og betydelig lavere (< 1%) i asiatiske og afrikanske populasjoner.

Bakgrunn 

  • Protrombin (koagulasjonsfaktor II) kodes for av F2-genet.
  • Sekvensvarianten g.20210G >A (c.*97G >A) i F2-genet er den nest vanligste årsaken til arvelig trombofili blant kaukasiere (den vangliste årsaken er F5 Leiden).
  • F2 g.20210G >A er assosiert med forhøyede protrombinnivåer i plasma og en protrombotisk tilstand.
  • Individer som er heterozygote for F2 g.20210G >A er rapportert å ha hhv. ca. 3-4 ganger så høy risiko for trombose sammenlignet med individer uten g.20210G >A variant. Risikoen for homozygote for F2 g.20210G >A er usikker, men den eneste rapporten så langt angir en risikoøknig for venøs tromboemboli på ca 30 ganger.

Tolkning 

Svarrapportering

  • F2-genotype rapporteres basert på analyse av F2 g.20210G >A. Eks. F2 g.20210 G/A (heterozygot) eller F2 g.20210 A/A (homozygot).
  • Forekomst av andre sjeldne sekvensvarianter som kan ha betydning for koagulasjonsfaktor II-funksjon kan ikke utelukkes.

 

Svartolkning

  • Protrombin (F2) genotype G/G:
    • F2 g.20210G >A genvariant er ikke påvist.
  • Protrombin (F2) genotype G/A:
    • Pasienten er heterozygot for F2 g.20210G >A genvariant.
    • Økt risiko for trombose.
    • Risiko for trombose kan være ytterligere økt dersom F2 g.20210G >A genvariant forekommer sammen med F5 Leiden genvariant (se F5 Leiden for mer informasjon).
  • Protrombin (F2) genotype A/A:
    • Pasienten er homozygot for F2 g.20210G >A genvariant.
    • Betydelig økt risiko for trombose.
    • Risiko for trombose kan være ytterligere økt dersom F2 g.20210G >A genvariant forekommer sammen med F5 Leiden genvariant (se F5 Leiden for mer informasjon).

 

Klinisk betydning av protrombin (F2)-genotype avhenger også av bl.a.:

  • Hormoner og legemidler
    • Graviditet, p-piller, østrogenerstatningsterapi
  • Røyking, immobilitet
  • Enkelte sykdommer (f.eks. noen kreftformer)
  • Traumer og kirurgi
  • Forekomst av andre genvarianter med betydning for tromboserisiko.

 

Usikkerhet

Stamcelletransplantasjon

  • Genotype i fullblod (donor/resipient) kan være forskjellig fra genotype i organer (resipient) som er involvert i legemiddelmetabolisme (eks. lever, tarm).

 

Organtransplantasjon

  • Genotype i fullblod (resipient) kan være forskjellig fra genotypen til det transplanterte organet (f. eks. lever).

 

Blodtransfusjon

  • Kan i sjeldne tilfeller påvirke genanalyseresultatet dersom antall leukocytter som overføres under transfusjonen er betydelig i forhold til pasientens leukocyttantall. Kan evt. sjekke dette ved å analysere blodprøve tatt ved et annet tidspunkt eller analysere genotype basert på annet cellemateriale.

 

Pasientens genotype er i utgangspunktet stabil og uendret gjennom hele livet. Det er således normalt ikke indisert å gjenta en genotyping hvis den er utført tidligere og svaret er tilgjengelig for rapportering.

Unntak kan være:

  • Ønske om ny genotyping med en mer omfattende metode:
    Hvis man tidligere bare har fått undersøkt én eller noen få DNA-sekvensvarianter i det aktuelle genet, kan det være aktuelt å teste påny med en ny eller mer omfattende metode som fanger opp flere varianter.
  • Pasienten er transplantert:
    Stamcelletransplantasjon tilfører donorleukocytter, noe som vil gi endret genotype ved analysering av blodprøve. Organtransplantasjon tilfører organ med donors genotype. Blodceller og øvrige vev er da uendret.
  • Mistanke om feil:
    Selv om det er sjelden, kan det forekomme berettiget mistanke om feil genotyperesultat. I så fall kan ny genotyping være indisert. I tillegg til prøveforbytning eller feil knyttet til analysering eller rapportering, kan det ved leukopeni i forbindelse med graviditet eller hos personer som får ordinær blodoverføring (én enhet SAG-blod kan inneholde inntil 1 million leukocytter) forekomme at det i en periode på inntil noen måneder blir en tilblanding og proliferasjon av fosters eller blodgivers leukocytter (mikrokimerisme) som kan gi endret genotyperesultat.
  • Klonal ekspansjon av mutert cellelinje hos pasienten

Analysemetode 

Rikshospitalet

Sanntids PCR med alleldeteksjon vha. hybridiseringsprober og smeltekurveanalyse på LightCycler® 480 (Roche) instrument.

 

Analysen omfatter undersøkelse av følgende genvariant (allel):

  • Protrombin (F2) g.20210G >A: NG_008953.1:g.25313G >A, NM_000506.3:c.*97G >A, (rs1799963)

 

Obs! Sekvensnummereringen for g.20210G >A refererer til gensekvensen som ble brukt da varianten først ble beskrevet av Poor et al. i 1996. Gjeldende HGVS-nomenklatur for varianten er imidlertid g.25313G >A (NG_008953.1) og c.*97G >A (NM_000506.3).