Mykobakterier omfatter arter i M. tuberculosis-komplekset (MTBC) og non-tuberkuløse mykobakterier (NTM). FHI har referansefunksjon for mykobakterier, og utfører analyser for identifikasjon og resistenspåvisning av mykobakterier, og for arter i MTBC utføres det rutinemessig slektskapsanalyse. Analyser som utføres, tilpasses det som allerede har vært utført ved innsendende laboratorium.

Arter i MTBC gir tuberkulose og omtales nærmere her.

• PASIENTRETTET:
  • Bekrefte funn av MTBC og dermed tuberkulose sykdom
  • Resistenstesting for å kunne gi riktig behandling
• FOLKEHELSERETTET:
  • Pasientrettet diagnostikk er også folkehelserettet
  • Utbruddsovervåkning
  • Overvåkning av antibiotikaresistens

I tråd med MSIS-forskriften skal isolat som tilhører M. tuberculosis-komplekset fra pasienter som er ny diagnostisert med tuberkulose, sendes inn til laboratoriet med nasjonal referansefunksjon.

Vi mottar rutinemessig og utfører diagnostikk på kultur på flytende eller fast medium.

Ved påvist rifampicin (ev. også isoniazid) resistens direkte i prøvemateriale ved primærlab.,

kan forbehandlet luftveismateriale (ev. puss) mottas etter nærmere avtale (tlf. 90 12 59 07),

for molekylær påvisning av resistens (for rifampicin, isoniazid, fluorokinoloner og amikacin).

Prøven må sendes via mikrobiologisk primærlab. for forbehandling og selektiv dyrkning for mykobakterier.

• Mikrobiologiske rekvisisjoner FHI: Skjemaer - samleside
• MTBC kulturer er i smitterisikogruppe 3, viser til Veileder for forsendelse av smittefarlig biologisk materiale utgitt av dsb (Direktoratet for samfunnssikkerhet og beredskap) og til Forskrift om landtransport av farlig gods, som inkluderer ADR og RID, som er det internasjonale regelverket for traqnsport av farlig gods på vei (ADR) og jernbane (RID).
• Generell informasjon
• Innsending av prøver til mikrobiologiske undersøkelser
• Praktisk veiledning: prøvemengde, medium, kjøling og pakking

For isolat som tilhører MTBC blir det alltid utført artsidentifikasjon, resistenstesting (hvis ikke utført ved innsendende lab.) og slektskapsanalyse. Følgende analyser blir utført:

• LPA (line probe assay, Hain), primært GenoType MTBDRplus, på mottatte kulturer ev. direkte i prøvemateriale:
  • bekrefter tilstedeværelse av MTBC
  • rask foreløpig avklaring av følsomhet for rifampicin og isoniazid
  • GenoType MTBDRsl utførese ev. i tillegg for å få en rask avklaring av følsomhet for fluorokinoloner.
  • Fenotypisk resistensbestemmelse i BACTEC MGIT 960 systemet (BD) med kritiske konsentrasjoner
    • alle isolat testes for rifampicin, isoniazid, ethambutol og PZA følsomhet
    • ved behov utføres utvidet testing for utvalgte antibiotika:
      • levofloxacin, moxifloxacin, bedaquilin, linezolid, pretomanid, prothionamid og/eller amikacin

• NGS på Illumina platform og sekvensanalyse med en intern pipeline (ev. supplert med andre analyseverktøy)
  • gir artsidentifikasjon og lineage
  • predikerer resistens for aktuelle antibiotika
  • slektskapsanalyse med tidiligere mottatte MTBC isolat

Alle mottatt isolat fryses i stammebank.

Det sendes fortløpende ut skriftlig svar på analyser nevnt over og ved behov blir resultatene ringt ut til innsendende lab., ev. behandlende lege.

Resultat på LPA (GenoType MTBDRplus ev. MTBDRsl) vil stort sett foreligge iløpet av en uke etter at kulturen (ev. prøvemateriale) er mottatt.

Resultat på fenotypisk resistensbestemmelse og NGS, vil foreligge etter ytterligere 3-4 uker.

LPA, GenoType MTBDRplus/MTBDRsl rapporteres med PÅVIST/IKKE PÅVIST for MTBC og for mutasjoner i gener, som er inkludert i testene:

• MTBDRplus: rpoB genet: predikerer resistens for rifampicin, katG genet: predikerer høygradig resistens for isoniazid og inhA genet (dvs i promotorregion, også kalt fabG1): predikerer lavgradig resistens for isoniazid og resistens for prethomanid
• MTBDRsl: gyrA og gyrB genene: predikerer resistens for fluorokinoloner, rrs og eis genene: predikerer resistens for andrelinje injiserbare medikamenter inkl. amikacin

Fenotypisk resistensbestemmelse angis med SENSITIV eller RESISTENT for antibiotika ved en gitt konsentrasjon

Analyser som utføres er per idag ikke akkreditert.

• omtale av tuberkulose i Smittevernveilederen