• Mistanke om pneumoni hos pasient med immunsvikt. Aktuelle pasientgrupper er HIV-pasienter, pasienter med hematologisk malign sykdom, organtransplanterte og andre pasienter som får immunosuppressiv behandling (inklusive "biologiske legemidler").
• Etter at effektiv HIV-behandling ("HAART") ble tatt i bruk, har forekomst av Pneumocystis pneumoni hos HIV-pasienter falt betydelig. De senere år synes det å være flest tilfelle hos andre grupper immunsupprimerte pasienter.

Det best egnede prøvematerialet er bronkialskyllevæske. Alternativt kan indusert sputum undersøkes.

Det kan i enkelte tilfelle også være aktuelt å undersøke pleuravæske, lungebiopsi eller lungeautopsi.

P. jirovecii DNA kan også undersøkes i ekspektorat, eventuelt i munnskyllevann, men med betydelig lavere sensitivitet. Disse prøvematerialene kan ikke anvendes til P. jirovecii immunfluorescensundersøkelse.

• Primært undersøkes prøvematerialet for tilstedeværelse av Pneumocystis jirovecii DNA. Dette er en meget sensitiv undersøkelse og svake positive funn kan representere kolonisering med P. jirovecii. 
  • Ved positive prøveresultater gjøres en semikvantitativ vurdering av mengde P. jirovecii DNA.
  • Dersom prøveresultatet er moderat til sterkt positivt utføres i tillegg Pneumocystis jirovecii antigen (immunfluorescens).
• Prøveresultatene sammenholdes og kommenteres som angitt under "Tolkning". Som alltid er det viktig å sammenholde funnene med klinikk og andre undersøkelser. 

P.jirovecii DNA sterk positiv (P. jiroveci immunfluorescens positiv eller negativ):

Pneumocystis pneumoni overveiende sannsynlig.

P.jirovecii DNA moderat positiv (og P. jirovecii immunfluorescens positiv): Pneumocystis pneumoni overveiende sannsynlig. Funn må sammenholdes med klinikk og radiologiske funn.

P.jirovecii DNA moderat positiv (og P. jiroveci immunfluorescens negativ): Pneumocystis pneumoni mulig. Funn må sammenholdes med klinikk og radiologiske funn. Behandling bør overveies hos immunsupprimert pasient.

P.jirovecii DNA svak positiv: Klinisk betydning usikker.  Mulig kolonisering. Behandling kan overveies hos immunsupprimert pasient.

• Uptodate: Epidemiology, clinical manifestations, and diagnosis of Pneumocystis pneumonia in HIV-uninfected patients
• Uptodate: Clinical presentation and diagnosis of Pneumocystis pulmonary infection in HIV-infected patients