MSI forårsakes av manglende funksjon av de proteinene som skal reparere feil ved nydanning av DNA etter splitting med DNA polymerase. Dette gir opphopning av mutasjoner spesielt i områder med repetisjoner av nukleotider (mikrosatelitter), og kan testes ved forskjellige metoder.

• PCR: Et begrenset antall spesifikke primere benyttes for å koble seg på områder på DNA som koder for mikrosatelitter.
• NGS: En lang rekke områder som koder for mikrosatelitter kan undersøkes samtidig, men søket etter de «riktige» områdene er også her av vesentlig betydning.