Soppsekvensering

• Mistanke om alvorlig soppinfeksjon hvor soppDNA ikke påvises med artsspesifikke PCR-analyser.
• Sopp-DNA-sekvensering er særlig indisert ved funn av sopp ved mikroskopi hvis dyrking eller artsspesifikke analyser ikke fører fram.

Fortrinnsvis i materiale fra normalt sterilt område som pleuravæske og andre sterile væsker, vev, biopsi og abscessmateriale.

Optimalt prøvevolum ved flytende materiale er 500 µl, men volum ned til 50 µl godtas for alle flytende prøvematerialer, vevsbiter bør være minimum 5x5x5mm.

Analysen utføres IKKE i luftveisprøver eller andre prøver hvor sopp inngår i normalflora, blod eller inokulerte blodkulturflasker.

Nedre luftveisprøver kan ved mistanke om muggsoppinfeksjon undersøkes for Aspergillus DNA og Mucorales DNA

Avhengig av problemstilling og prøvemateriale bør også Candida DNA undersøkes før soppsekvensering utføres.

Elektronisk rekvirering anbefales.

Rekvirenter uten slik tilgang, se Rekvisisjoner.

Dersom rekvirenter utenfor OUS skal rekvirere soppsekvensering hos oss må prøven sendes til Avdeling for mikrobiologi, Enhet for bakteriologi på Rikshospitalet. Se Kontaktinformasjon.

In-house, sanntids polymerasekjedereaksjon (PCR), dersom denne er positiv gjøres sekvensering av ITS2- og D1D2-regionen i sopp DNA. Påvist sekvens sammenliknes med kjente sekvenser fra databaser. Ved høy grad av overensstemmelse etter definerte kriterier utledes artsnavn, eventuelt slektsnavn.

Enhet for bakteriologi, OUS Rikshospitalet i samarbeid med utviklingsseksjonen, OUS RH/Ullevål og Referanselaboratoriet for medisinske soppsykdommer.

Sopp DNA: Ikke påvist.

Dersom målgenene ITS eller D1D2 påvises med PCR sekvenseres produktet for nærmere identifikasjon.

Ved funn av reelt sopp DNA ved sekvensering angis dette med artsnavn, eventuelt bare slektsnavn.

Det er ikke uvanlig med dårlige sekvenser uten funn av sopp DNA og da opplyses det om dette ved besvarelse av analysen Sopp DNA identifikasjon (sekvensering)

4-7 virkedager.

Undersøkelsen er ressurs- og tidkrevende. Der spesifikke DNA-undersøkelser er tilgjengelige, bør disse utføres først. Disse undersøkelsene er mer sensitive enn soppsekvensering.

Laboratoriet avviser prøver som ikke synes klinisk indisert eller hvor prøvematerialet er uegnet for analysen.

Ikke akkreditert analyse.