Folkehelseinstituttet (FHI) har nasjonal referansefunksjon i medisinsk mikrobiologi for koronavirus med alvorlig utbruddspotensiale for å bidra til nasjonal og internasjonal virologisk og epidemiologisk overvåking, forebygging og beredskap. Funksjonen ligger i avdeling for Virologi, Seksjon for influensa og andre luftveisvirus. Et viktig formål med overvåkingen er å kunne overvåke evolusjonen av Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viruset i Norge og se det i sammenheng med utviklingen ellers i verden og vurdere behov for behandlings eller vaksineendringer. I tillegg skal overvåkingen bidra til sykdomsforståelse og skal kunne oppdage nye SARS-CoV-2 varianter som potensielt kan gi større utbrudd eller mer alvorlig sykdom, eller i verste fall risiko for pandemi.

Instituttet har også status som nasjonalt influensasenter for WHO (NIC-Norway) hvor overvåking av SARS-CoV-2, influensa og RSV er integrert, samt nasjonalt referanselaboratorium i EU/EØS-nettverket av nasjonale referanselaboratorier (ECOVID-LabNet) innen EUs overvåkingsnettverk for covid, European COVID-19 surveillance Network (ECOVID_NET), koordinert av ECDC. Etter covid-19 pandemien overvåkes SARS-CoV-2 integrert med overvåkingen av flere øvrige luftveisvirus som influensa og RSV.

Som ledd i overvåking, forebygging og beredskap utfører FHI en rekke analyser for SARS-CoV-2 og videreformidler overvåkingsdata til WHOs globale overvåking og respons (GISRS). Dette med formål for utvidet virus karakterisering og for vaksinevurderinger. Analysene FHI utfører omfatter viruspåvisning og identifisering av SARS-CoV-2 varianter, samt genetisk karakterisering, resistensundersøkelser og immunitetsundersøkelser som virusnøytralisasjon og seroepidemiologi for å kunne måle beskyttelse mot SARS-CoV-2 i den norske befolkningen.

Mer informasjon om covid-19 sykdom og behandling er tilgjengelig i FHIs smittevernhåndbok og informasjon om overvåkingssystemene er tilgjengelig i FHIs luftveisukerapportert. Se også veileder for koronavaksinasjonsprogrammet.

FHI analyserer for SARS-CoV-2 primært for overvåkingsformål på populasjonsnivå og ikke for primærdiagnostikk.

Det er gjennom MSIS-forskriften § 2-4a innsendingsplikt til referansefunksjon i medisinsk mikrobiologi etter følgende angivelse og prøvene lagres i FHIs biobank. Tilsvarende angivelse gjelder influensavirus, RSV og SARS-CoV-2:

• Fyrtårnprøver: I overvåkingsøyemed mottar FHI prøver av pasienter med klinisk mistanke om SARS-CoV-2 for primærdiagnostikk, innsendt fra legepraksiser som instituttet har avtale med («fyrtårnleger»). Prøvene kan også være analysert i andre mikrobiologiske laboratorier som FHI har avtale med «Fyrtårnlaboratorier». Dette er FHIs sentinel overvåkingssystem i primærhelsetjenesten som sikrer en integrert overvåking av SARS-CoV-2 samtidig med influensa og RSV på klinisk indikasjon sammen med utvidede kliniske informasjoner.
  • Alle fyrtårnprøver skal sendes inn til FHI. Prøvene sendes inn ukentlig sammen med egen fyrtårnremisse. Influensa A og B, SARS-CoV-2 og, eller RSV positive prøver vil undersøkes nærmere. Fyrtårnprøver hvor det ikke påvises luftveisagens har verdi for å undersøke for “andre” agens.

• Generelle representative overvåkingsprøver: Mikrobiologiske laboratorier er bedt om å oversende et representativt utvalg av prøver med påvist SARS-CoV-2 virus.
  • Hvert laboratorium mottar fra FHI et eget måltall for innsending pr uke. Samme måltall gjelder for innsending av positive influensa A og B, SARS-CoV-2 og RSV prøver. Måltallet skal bidra til en geografisk representativ og tidsriktig overvåking av influensa i Norge og dekker både prøver fra primær og spesialisthelsetjenesten.

• Referansediagnostikk og målrettet overvåking: FHI utfører også verifiserende og utdypende analyser på innsendte prøver der SARS-CoV-2 er påvist ved primærlaboratorier ved ulike problemstillinger som for eksempel:
  • atypiske analyseresultater
  • spesiell klinikk
  • større utbrudd
  • tilfeller med mistanke om resistens mot antivirale medikamenter
  • tilfeller med mistanke om vaksinesvikt
  • Spesiell reisehistorikk kan også indikere at virus kan avvike fra dominerende stammer i vårt eget utbrudd

• Antall prøver som skal sendes inn avhenger av problemstillingen og drøftes med vakthavende virolog på FHI (kontakt via sentralbord 21 07 70 00). Ved større utbrudd med mer enn 20 smittede ønskes innsendt 5 prøver, andre større utbrudd med opptil 20 smittede kan representeres med 3 innsendte prøver

Det er viktig at prøver som sendes til referanselaboratoriet ved FHI merkes godt med hvilke formål for overvåking som prøven er sendt inn for (fyrtårn, generell, målrettet) og informasjon om problemstilling der det er relevant

Utvalget som oversendes for generelt overvåkningsformål bør tilstrebes å være representativt for de SARS-CoV-2-positive i laboratoriets opptaksområde. ECDC har utarbeidet en guide for hvordan sikre representativitet best mulig:

• Guidance for representative and targeted genomic SARS-CoV-2 monitoring

Seroepidemiologi: I tillegg til undersøkelser av virus utføres også årlig antistoffpåvisning av befolkningsrepresentative serumprøver for å kartlegge befolkningens immunitet mot de ulike SARS-CoV-2 varianter.

Generelt ønskes prøver fra øvre luftveier, men også materiale fra nedre luftveier kan være aktuelt, spesielt ved utredninger.

Prøvene bør tas tidligst mulig etter symptomdebut - av pasienter med akutt luftveisinfeksjon. WHO har nylig fastsatt følgende kasusdefinisjon for overvåking som vi ber dere følge for prøvetaking:

Ta prøver både fra nese og hals ved luftveisinfeksjoner, da dette øker sjansene for å påvise virus:

Prøvene oppbevares i kjøleskap til de skal pakkes og sendes forskriftsmessig. Forsendelse av prøverør uten ytterbeholder med absorberende materiale er ikke lovlig.

Påfør prøvens ct-verdi hvis tilgjengelig. Prøvene som velges ut bør inneholde tilstrekkelig mengde SARS-CoV-2-virus til at helgenomsekvensering og eventuell virusdyrking er mulig, og ct-verdi bør derfor helst ligge under 30.

Laboratorier som gjør fortløpende helgenomsekvensering av et tilstrekkelig antall representative positive prøver, og har en fungerende ordning for deling av sekvensene med FHI, kan etter nærmere avtale oppfylle deler av innsendingsplikten til referanselaboratoriet virtuelt gjennom tilgjengeliggjøring av sekvenser og tilhørende metadata. Et mindre utvalg av positive prøver må likevel oversendes da innsendingsplikten også tjener andre formål enn sekvensering (nasjonal stammebank, virusdyrking, kvalitetssikringsformål m.m.). Utvalg med tanke på representativitet, og medfølgende data, må være tilsvarende som for fysisk oversendelse.

Informasjon om generell prøvetaking og innsending finnes i kapittelet Pakking og innsending av prøver. Rør til innsending av sera til den årlige seroepidemiologiundersøkelsen leveres ut til mikrobiologiske laboratorier av FHI typisk i juni måned med innsamling i august.

Fyrtårnleger som ønsker å sende prøver til analyse på FHI får tilsendt prøvetakingsutstyr, instrukser og remisser vederlagsfritt ved å kontakte NIC-Norway@fhi.no .

• Innsending av prøver til mikrobiologiske undersøkelser
• Praktisk veiledning: prøvemengde, medium, kjøling og pakking
• Skjemaer - samleside

Prøver bør holdes kjølig i kjøleskap før innsending til referanselaboratoriet ved FHI.

Viruspåvisning og identifikasjon av SARS-CoV-2 utføres hovedsakelig med real-time revers transkripsjons-polymerasekjedereaksjon (rRT-PCR) og de fleste innsendte prøver med tilstrekkelig god kvalitet vil helgenomsekvenseres og/eller dyrkes opp for videre karakterisering. Genetisk karakterisering og resistensvurdering utføres ved helgenomsekvensering. Virus dyrkes opp for bevaring i virusstammebank og for å kunne brukes for seroepidemiologiske undersøkelser. Variantspesifikk antistoffpåvisning gjøres hovedsakelig med virusnøytralisasjon.

Laboratoriet utfører ikke primærdiagnostikk, men gjør analyser for nasjonal og internasjonalt overvåkingsformål og operer derfor ikke med spesifikke svartider. Prøvesvar går i hovedsak ikke tilbake til lege, men til laboratorium som har innsendt prøve for overvåking eller problemløsning. Det gjøres helgenomsekvenseringer en gang i måneden for overvåkingsformål. Ved spesielle problemsstillinger av klinisk betydning kan det forventes hurtigere svar etter avtale.

Fyrtårnprøver svares ut innen en uke etter mottatt prøve og prøver generelt ellers types innenfor en uke. Fyrtårnprøver som går til våre samarbeidende fyrtårnlaboratorier analyseres i rutinen som ordinær diagnostisk med tilsvarende hurtig svartid.

Referanselaboratoriet gir prøvesvar i form av svarbrev tilbake til rekvirerende laboratorium på real-time PCR analysene for påvisning av agens og som et tiltak under pandemien går det også svar ut på helgenomresultater. Svar går også til rekvirerende fyrtårnlege dersom fyrtårnprøve er sendt for primærtesting. Påvisningsresultater går også elektronisk direkte til MSIS laboratoriedatabasen.

Det må eksplisitt stå på remissen som følger prøven dersom andre enn rekvirerende laboratorium skal ha kopi av svaret (for eksempel kommuneoverlege eller lege ved sykehjem).

Se også meldingskriterier: https://www.fhi.no/ut/msis/meldingsplikt-til-msis-meldingsgang-og-meldingsskjemaer/

Regelverk

Arbeidstilsynet klassifiserer koronaviruset SARS-CoV-2 som smitterisikogruppe 3, med fotnote 12: Arbeid som ikke innebærer oppkonsentrering eller oppformering av SARS-CoV-2, f.eks. håndtering av pasientmateriale med mistanke om SARS-CoV-2, skal utføres ved minimum inneslutningsnivå 2. Arbeid som innebærer oppkonsentrering eller oppformering av SARS-CoV-2 skal utføres ved inneslutningsnivå 3 med undertrykk i forhold til atmosfæren.

• Koronavirus: Tiltak i arbeidslivet (Arbeidstilsynet)

Klassifisering i risikogruppe er ikke ekvivalent med krav til inneslutningsnivå på laboratoriet. Det er type arbeid med SARS-CoV-2 som vil avgjøre riktig inneslutningsnivå. Alle laboratorier som utfører arbeid med SARS-CoV- 2 skal selv foreta en lokal risikovurdering for sine arbeidsrutiner for å sikre at arbeid foregår på en sikker måte, og utarbeide lokale retningslinjer og prosedyrer for arbeid.

FHI har gjort en overordnet risikovurdering for arbeid med SARS-CoV-2 på laboratoriet basert på anbefalinger fra WHO og ECDC. Ved landets medisinske mikrobiologiske laboratorier er det etablert gode rutiner for arbeid med ulike pasientmaterialer basert på fortløpende risiko og sårbarhets (ROS) analyser for å trygt kunne håndtere potensielt smitteførende pasientprøver.

• Laboratory biosafety guidance related to SARS-CoV-2 (COVID-19): Interim guidance, 11 March 2024

FHI vurderer at det for SARS-CoV-2 er særlig arbeid som bidrar til å danne aerosoler, slik som blanding av prøver, risting og sentrifugering, som utgjør en risiko for laboratoriepersonell.

Arbeid som bør foregå i inneslutningsnivå 3

Laboratoriearbeid som innebærer oppkonsentrering eller oppformering av virus bør utføres ved inneslutningsnivå 3 (BSL3) i sikkerhetsbenk klasse II, med beskyttelsesutstyr i henhold til risikovurdering og inneslutningsnivå. Eksempler på arbeid:

• Dyrking av virus i cellekultur og all håndtering av oppdyrket materiale

• Nøytralisasjonstester

Arbeid som kan utføres utenfor inneslutningsnivå 3

Pasientmateriale

SARS-CoV-2 pasientmateriale håndteres nå på samme måte som pasientmateriale med feks influensavirus. All håndtering i laboratorium av pasientmateriale med mistanke om SARS-CoV-2 bør utføres ved inneslutningsnivå 2 (BSL2) i godkjent sikkerhetsbenk klasse II eller med egnede beskyttelsesutstyr/-tiltak i henhold til risikovurdering.

Generelt bør alle prosedyrer utføres slik at man minimerer risiko for generering av aerosoler og dråper. Eksempler på arbeid:

• Fortynning / fordeling av prøver

• Forberedende åpent arbeid med prøver for molekylærdiagnostikk før inaktivering

• Inokulering av dyrkingsmedier

Molekylærbiologiske analyser og arbeid med bearbeidede prøver

Molekylærbiologiske analyser slik som ekstraksjon av RNA, PCR analyser og sekvensering, samt annet arbeid med inaktiverte og bearbeidede prøver kan utføres i henhold til standard prosedyrer på det lokale laboratoriet med de rutiner og instrumenter som normalt benyttes.

Pasientnær testing

Diagnostisk testing utenfor laboratorium med enkle hurtigtester eller apparatur med minimal prøvehåndtering vurderes ikke å innebære annen type risiko enn selve prøvetakingen. Beskyttelsestiltak som etter risikovurdering anses som tilstrekkelig for prøvetaking, anses derfor av FHI også som tilstrekkelig for utførelse av slike tester, både når formålet er testing for covid-19 eller andre luftveisinfeksjoner.

Dekontaminering

Dekontaminering av overflater og utstyr skal utføres med egnet middel for kappekledde virus og med korrekt virketid. Etanol, hydrogenperoksid, klor, fenolbaserte løsninger og kvartære ammoniumsforbindelser er eksempler på effektive desinfeksjonsmidler.

SARS-CoV-2 helgenomsekvenser publiseres i GISAID (Global Initiative for Sharing All Influenza Data) EpiCov internasjonale database hver måned. Norske virussekvenser kan sees i sammenheng med internasjonale sekvenser i egne Norske sekvens focalbuilds i NextStrain.

FHI publiserer også ukentlig i luftveissesongen en egen rapport med nasjonale tall for overvåkingen av influensa sammen med SARS-CoV-2 og RSV og enkelte andre luftveisagens.

• https://www.fhi.no/publ/statusrapporter/luftveisinfeksjoner/

Laboratoriet ivaretar en nasjonal historisk samling over prøver innsendt til overvåkingen jamfør MSIS-forskriften § 2-4a.

• Karoline Bragstad, seksjonsleder
• Olav Hungnes, faglig ansvarlig og referansefunksjonsansvarlig
• Joakim Øverbø, medisinskfaglig ansvarlig