• Mistanke om koronavirusinfeksjon
• Alvorlig luftveisinfeksjon

Det finnes fire typer av endemiske koronavirus (HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, HCoV-OC43). Klinisk presentasjon er i prinsippet lik for disse typene, de forårsaker vanligvis milde forkjølelser. SARS-CoV-2 er nå også ansett som et endemisk koronavirus, men skiller seg fra de andre artene og håndteres derfor annerledes ved laboratoriet, se eget avsnitt.

Ved rekvirering av koronavirus-PCR undersøkes prøven rutinemessig for tre av de endemiske koronavirusene (HCoV-229E, HCoV-NL63 og HCoV-OC43). PCR for HCoV-HKU1 må vanligvis bestilles separat, men ved utbrudd inkluderer laboratoriet undersøkelse for HCoV-HKU1 sammen med PCR for HCoV-229E, HCoV-NL63 og HCoV-OC43.

Noen prøver fra sykehuspasienter undersøkes med bred analysepakke som inneholder PCR-tester for både virus og bakterier, tilsammen 23 ulike agens, inkludert HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, HCoV-OC43. 

• Nasofarynksprøve
• Bronkialskyllevæske
• Ekspektorat
• Halsprøve
• Trachealsekret

Molekylærdiagnostikk.

Avdeling for Medisinsk mikrobiologi, St. Olavs Hospital

Positiv/negativ.

1-3 virkedager.

Positiv PCR bekrefter funn av et endemisk koronavirus. Viruset kan forekomme i luftveier hos friske, ofte hos barn, uten å forårsake sykdom. Betydningen av funnet må derfor vurderes i lys av klinikk.

Moderat/høy virusmengde påvises vanligvis den første uken i sykdomsforløpet. I disse tilfellene besvares PCR-analysen uten resultatkommentar.

Mulig tolkning av positivt PCR-resultat besvart med kommentaren «Lav virusmengde»:

• Ikke klinisk betydning
  
  • Lave mengder av viruset kan være påvisbart i flere måneder etter infeksjon
• Klinisk betydning
  
  • Lav påvist mengde på grunn av dårlig tatt prøve
  • Lav virusproduksjon tidlig i sykdomsforløpet

Hvis ingen andre virus påvises, øker sannsynligheten for at funn av et endemisk koronavirus har klinisk betydning.

Analysen er akkreditert etter ISO 15189.

Akkrediteringen gjelder øvre luftveier for OC43, 229E, NL63.

• Luftveisfunn Helse Midt-Norge (ukeoversikt) (Luftveisfunn)